Абитуриенты, съехавшиеся со всей России и ряда стран Ближнего и Дальнего Зарубежья, сдают экзамены по основам Православной веры, библейской истории, богослужебному уставу, общей церковной истории и истории Русской Церкви. Соискатели звания студента Московской духовной семинарии проходят певческое прослушивание, экзаменуются на предмет знания основных молитв и навыка чтения по церковнославянски, пишут изложение.

В промежутках между экзаменами абитуриенты проходят собеседования с проректором по учебной работе и проректором по воспитательной работе, а также с старшим помощником проректора по воспитательной работе.

Одним из этапов вступительных экзаменов также является встреча и собеседование с духовниками Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.