В 1867 по благословению своего духовного отца епископа Стефана (Кнежевича) (+1890) он поехал в Россию и поступил в Киевскую Духовную Академию, которую закончил в 1871 со степенью кандидата богословия. В том же году он был удостоен степени магистра богословия за работу «Достоинства Православной Церкви до XIV века». В Киеве же в 1873, на Рождество Христово, он стал рясофорным монахом, а в 1875 принял постриг в мантию с именем Никодим. Далее он был рукоположен во иеромонаха, а затем возведен в сан архимандрита.
Возвратившись на родину в 1874 году, архимандрит Никодим стал преподавателем Церковного права и практического богословия в Задарской семинарии.
Степень доктора богословия он получил на православном богословском факультете Черновицкого университета.
В 1886 по приглашению сербского правительства архимандрит Никодим принял участие в преобразовании Белградской семинарии, ректором которой был назначен. Однако на этой должности он пробыл всего год и поспешил возвратиться в родную Далмацию. На протяжении 16-ти лет он был ректором Задарской семинарии.
В 1890 по смерти епископа Стефана (Кнежевича) он был хиротонисан во епископа Далматинско-Истринского. Преосвященный Никодим около двадцати лет управлял Далматинско-Истрийской епархией, входившей тогда в состав Австро-Венгрии. В 1910 он ушел на покой, и последние годы жизни провел в Дубровнике.
Скончался он в Великий пяток. Владыку первоначально похоронили в Дубровнике, но в 1930 останки епископа Никодима были перенесены в храм Преображения Господня в его родном городе. В 1975 епархиальное управление Далматской епархии решило открыть в своем центре - городе Шибенике - музей, посвященный памяти епископа-канониста.
Епископ Никодим известен как крупный разносторонний ученый, церковный историк, исследователь Церковного права. Он состоял почетным членом Санкт-Петербургской, Московской и Киевской Духовных Академий. Наиболее значительный его труд «Православное церковное право» (1890 г.) переведен на русский, немецкий, новогреческий и болгарский языки. Представляет интерес его работа «Православная Далмация» (Нови Сад, 1911), дающая исторический обзор церковных событий в Далмации, начиная с 55 года - времени основания в Далмации Церкви святым апостолом Титом, учеником апостола Павла, - по 1849 год. Перу Преосвященного Никодима принадлежат многочисленные статьи и монографии посвященные церковно-правовым и каноническим вопросам.