Родился в Уэстон-сапе-Мэйр и получил образование в элитной частной школе для мальчиков в Персе, Кембридж. С 1948 по 1949 служил в образовательном корпусе Королевской армии, изучал математику в Тринити-колледже, Кембридж, который закончил в 1952 г. Получил степень доктора философии (PhD) по физике в 1955 г. под руководством Абдуса Салама в группе, руководимой Полем Дираком. В 1955 женился на Рут Марти и был приглашен в Калифорнийский технологический институт, где продолжил научные исследования вместе с Мюррэем Гелл-Манном. После двух лет преподавания в университете Эдинбурга он вернулся в Кембридж в 1958 г., а в 1968 г. был избран профессором математической физики.

         В течение 25 лет Полкинхорн занимался теоретической физикой, работая в области теории элементарных частиц, и играл важную роль в открытии кварков. С 1968 по 1979 г. он был профессором математической физики Кембриджского университета, а в 1974 г. был избран членом Королевского общества. С 1972 по 1981 г. являлся главой руководства элитной школы для мальчиков в Персе.

         Полкинхорн начал свое служение в Англиканской церкви в Уэсткотт Хаусе, Кембридж, став англиканским священником в день Св. Троицы 1982 г. в Тринити-колледже, Кембридж. После 5 лет приходского служения Полкинхорн вернулся в Кембридж в качестве декана капеллы Тринити-холла. Затем он стал президентом Королевского колледжа в Кембридже. В 1997 г. он был удостоен звания Рыцаря Ордена Британской империи (KBE); в 1998 стал почетным доктором Даремского университета, в 2002 г. был удостоен премии Джона Темплтона за вклад в исследования в области диалога между наукой и религией.

         Полкинхорн является членом Комитета по медицинской этике, Генерального синода Англиканской церкви, Комиссии по вероучению и Комиссии по генетике человека. Он является членом Королевского колледжа в Кембридже и в течение 10 лет каноником кафедрального собора в Ливерпуле. Также он является основателем общества рукоположенных ученых, а также Международного общества по науке и религии. В 1993-1994 гг. Полкинхорн был удостоен права дать престижные Гиффордовские лекции, которые позднее он опубликовал в книге «Вера глазами физика» (The Faith of a Physicist).

         Полкинхорн называет свой взгляд на мир критическим реализмом и твердо убежден в том, что существует единый мир, различные аспекты которого рассматривают религия и наука. Он полагает, что механистические объяснения мира, которые развиваются со времен Лапласа и достигли своего антирелигиозного апогея в трудах Ричарда Доукинса, должны быть заменены пониманием, что большая часть природы больше похожа на облака, нежели на часы. Полкинхорн рассматривает разум, душу и тело как различные аспекты одной и той же фундаментальной реальности - «двухаспектный монизм», который предполагает, что «в мире существует только один материал (не два - материальный и ментальный), но который может проявляться в двух противоположных состояниях (материальной и ментальной фазах, как мог бы сказать физик), которые объясняют наше восприятие различия между разумом и материей». Полкинхорн полагает, что стандартная физическая причинность не может адекватно описать множество путей, которыми взаимодействуют вещи и люди, и использует фразу «активная информация» для того, чтобы выразить свое убеждение в том, что когда энергетически возможны многие события, может существовать высший уровень причинности, на котором может происходить выбор.

         Полкинхорн считает, что «вопрос о существовании Бога является одним из наиболее важных вопросов, из стоящих перед нами вопросов о природе реальности». Он рассматривает вопрос о том, является ли концепция Бога имеющей смысл. И если да, есть ли у человека причины верить в Него? Полкинхорн считает, что Бог является предельным ответом на главный вопрос Лейбница: «почему существует нечто, нежели ничто?» «Плоское утверждение о существовании мира», которое делают атеисты, является «совершенно недоказуемым взглядом на реальность», говорит он, утверждая, что «теизм объясняет гораздо больше, чем редукционистский атеизм даже может принять в рассмотрение». Полкинхорн очень сомневается в достоверности онтологического доказательства Ансельма Кентерберийского. «Если мы не можем доказать согласованность арифметики, вряд ли можно надеяться, что легче иметь дело с существованием Бога», и делает вывод, что Бог является «онтологически необходимым, но не логически необходимым». Он не утверждает, что существование Бога может быть продемонстрировано логически принудительным образом (тем более Его несуществование), но что теизм делает мир и опыт человека более осмысленным, нежели атеизм». В частности Полкинхорн указывает на разумность вселенной: «Можно ожидать, что эволюционный отбор должен произвести разум гоминидов для воспроизводства повседневного опыта, но что эти умы также должны быть способны понять субатомный мир и общую относительность, выходит далеко за рамки любой способности к выживанию приспособленных. Тайна становится еще более глубокой, когда кто-либо признает плодотворность идеи математической красоты как руководства к нахождению успешной теории».

         Полкинхорн с одобрением цитирует Фримана Дайсона, который сказал: «чем больше я исследую вселенную и детали ее архитектуры, тем больше для меня становится очевидно, что вселенная в некотором смысле должна знать, что мы должны прийти в существование». Он полагает, что подавляющее большинство убеждены в том, что или существует большое число других вселенных в мультивселенной, или что «существует только одна вселенная, которая обладает антропной полнотой, поскольку она является выражением целенаправленного замысла Творца, который одарил ее этой прекрасно настроенной потенциальностью к жизни».

         Полкинхорн считает, что теизм предлагает более убедительное рассмотрение этических и эстетических вопросов, нежели атеизм. Он рассматривает проблему зла как наиболее серьезное интеллектуальное возражение против существования Бога, но в то же время полагает, что известный аргумент о свободе воли в рассмотрении вопроса о моральном зле, допускающий мир с возможностью существования грешного человека, лучше, чем с совершенно запрограммированными машинами. «Рассказ о человеческом зле является таким, что невозможно делать это утверждение без дрожи, но я полагаю, что он, тем не менее, верен. Я добавлю к этой защите свободы воли, что миру позволено быть чем-то лучшим, чем кукольному театру с космическим тираном. Я думаю, что эти два аргумента являются противоположными сторонами одной монеты, что наша природа является тесно связанной с физическим миром, который дал нам рождение».

Главная тема исследований Полкинхорна посвящена родственным отношениям науки и религии. Он акцентирует внимание читателей на том, что когда он одевает «колоратку», он не перестает искать истину. Многие из его книг посвящены исследованию аналогий между поиском истины в науке и религии в рамках единого философского подхода, который он называет критическим реализмом. Он считает Майкла Полани философом науки, который искал плодотворного баланса между «критическим» и «реализмом». Полкинхорн полагает, что существуют близкие отношения между способами, с помощью которых наука и богословие занимаются поиском истины в рамках соответствующих областей интерпретируемого ими опыта и показывает это на примере развития квантовой физики, говоря, что, в обеих дисциплинах, существуют пять пунктов родственных отношений:

• 1. Моменты радикального пересмотра.
• 2. Период неразрешимой путаницы.
• 3. Новый синтез и понимание.
• 4. Продолжающаяся борьба с неразрешенными проблемами.
• 5. Глубокие следствия.

Принадлежа к духовенству Англиканской церкви Полкинхорн не использует титул «сэр», хотя он был посвящен в рыцари. Если бы он не был священником, его титул должен был быть следующим: доктор сэр Джон Полкинхорн.

Полкинхорн является автором 30 книг, которые были переведены на 18 языков. 25 из этих книг посвящены вопросам диалога науки и религии и адресованы, главным образом, популярной аудитории.

God, Humanity and the Cosmos: A Textbook in Science and Religion ed. by Dr. Christopher Southgate. T&T Clark.

Wolfhart Pannenberg (2001). "Response to John Polkinghorne". Zygon 36 (4): pp. 799-800. doi:10.1111/0591-2385.00398. 

Johannes Maria Steinke John Polkinghorne - Konsonanz von Naturwissenschaft und Theologie Vandenhoeck & Ruprecht 2006 - a book investigating Polkinghorne's theory of consonance and analysing its philosophical background.

Taede A. Smedes Chaos, Complexity, and God: Divine Action and Scientism Louvain: Peeters 2004 - a theological investigation of Polkinghorne's (and Arthur Peacocke's) model of divine action.

Полкинхорн Дж. Вера глазами физика. М., ББИ

Полкинхорн Дж. Наука и богословие. М., ББИ

The Way the World is : The Christian Perspective of a Scientist (1984 - revised 1992) ISBN 0-281-04597-6

One World (SPCK/Princeton University Press 1987; Templeton Foundation Press, 2007) ISBN 978-1-59947-111-2

Science and Creation (SPCK/New Science Library, 1989; Templeton Foundation Press, 2006) ISBN 978-1-59947-100-6

Science and Providence (SPCK/New Science Library, 1989; Templeton Foundation Press, 2006) ISBN 978-1-932031-92-8

Reason and Reality (SPCK/Trinity Press International 1991)

Quarks, Chaos and Christianity (1994; Second edition SPCK/Crossroad 2005) ISBN 0-281-04779-0

The Faith of a Physicist - published in the UK as Science and Christian Belief (1994) ISBN 0-691-03620-9

Serious Talk (Trinity Press International/SCM Press, 1996)

Scientists as Theologians (1996) ISBN 0-281-04945-9

Beyond Science (CUP 1996)

Searching for Truth (Bible Reading Fellowship/Crossroad, 1996)

Belief in God in an Age of Science (Yale University Press, 1998) ISBN 0-300-08003-4

Science and Theology (SPCK/Fortress 1998) ISBN 0-8006-3153-6

The End of the World and the Ends of God (Trinity Press International, 2000) with Michael Welker

Traffic in Truth (Canterbury Press/Fortress, 2000)

Faith, Science and Understanding (2000) SPCK/Yale University Press ISBN 0300083726

The Work of Love editor (SPCK/Eerdmans 2001)

The God of Hope and the End of the World (Yale University Press, 2002) ISBN 0-300-09211-3

The Archbishop's School of Christianity and Science(York Courses, 2003)

Living with Hope (SPCK/Westminster John Knox Press, 2003)

Science and the Trinity: The Christian Encounter With Reality (2004) ISBN 0-300-10445-6 (a particularly accessible summary of his thought)

Exploring Reality: The Intertwining of Science & Religion (SPCK 2005) ISBN 0-300-11014-6

Quantum Physics & Theology: An Unexpected Kinship (SPCK 2007) ISBN 9780281057672

From Physicist to Priest, an Autobiography SPCK 2007 ISBN 978-0-281-05915-7

He has also written five science books:

The Analytic S-Matrix (CUP 1966, jointly with RJ Eden, PV Landshoff and DI Olive)

The Particle Play (W. H. Freedman, 1979)

Models of High Energy Processes (CUP 1980)

The Quantum World (Longmans/Princeton University Press, 1985; Penguin 1986; Templeton Foundation Press 2007) ISBN 9780691023885

Quantum Theory: A Very Short Introduction (2002) OUP ISBN 0-19-280252-6