Su nombre, en primer lugar, se asocia con la reforma de la Iglesia Ortodoxa Rusa. En 1652, Nikon aceptó ser patriarca (el propio Zar, según ciertas fuentes, se lo rogaba de rodillas) a condición de que el poder laico no interviniera en absoluto en los asuntos de la Iglesia.

Nikon alcanzó el máximo orden religioso, obtuvo una “carta blanca” del Zar e inició las reformas radicales, provocando escisión dentro de la Iglesia Ortodoxa Rusa. Esta división eclesiástica fue una tragedia para todo el pueblo. Los creyentes más fervientes y fanáticamente fieles a las normas antiguas se convirtieron en apóstatas cismáticos. El Zar intervino en respaldo de Nikon, ya que veía en la resistencia de los divisionistas una oposición al poder central. Nikon, con ayuda del Zar, “rompió en sus rodillas” destinos de mucha gente, provocó resistencia entre los boyares y los clérigos.

El Patriarca Nikon se obstinó en convertirse la figura más importante en el país por estar totalmente seguro en su gran influencia en el Zar. Hablando en idioma moderno, Nikon “se pasó” y “soltó la rienda”. Anunció que se dimitía como Patriarca, creyendo que el zar Alexéi volvería a ponerse de rodillas rogándole que volviera.

En los años 1666 a 1667, una Asamblea de patriarcas ortodoxos se reunió para consultas y se puso al lado del Zar que ya no quería ser “luna” con un patriarca “sol”. Nicon fue privado de su título de patriarca y sacerdocio y desterrado como simple monje a un monasterio. Pudo soportar todas las penas de su aislamiento y sobrevivir al Zar Alexéi. Fue enterrado en la ciudad Nuevo Jerusalem, a 60 km de Moscú, que él mismo había construído siendo Patriarca.