По окончании Академии преподавал в Вифанской семинарии. С 1878 в МДА на кафедре Священного Писания Нового Завета. Магистерская диссертация «Философия Филона Александрийского в отношении к учению Иоанна Богослова о Логосе» (М., 1885).

В качестве докторской диссертации он защитил книгу «Ветхозаветный храм. Ч.1. Внешний вид храма» (М., 1890).

Член редакционного комитета по переводу Святоотеческих творений. Переводил с греческого свт. Кирилла Александрийского и св. Ефрема Сирина. Член Правления (1906-1910). Почетный член МДА с 1911.

 Древнеславянское Евангелие от Марка: Поправки, доп. и замечания к тр. проф. Г. А. Воскресенского о древнеслав. тексте евангелия от Марка / [Соч.] Проф. М. Муретова. - Сергиев Посад: 2 тип. А. И. Снегиревой, 1897. - [2], 54, XXII, [1] с.; 23 см

Славяно-русский перевод Нового завета в труде по преданию усвояемом святителю Алексию митрополиту Киево-Московскому и Всероссийскому с точек зрения церковно-практической и научно-богословской / [Соч.] Митрофана Муретова, проф. Моск. духовной акад. - Сергиев Посад: 2 тип. А. И. Снегиревой, 1898. - [2], II, 120, 138 с.; 24 см. - Отт. из №№ «Богосл. вестн.» за 1897 и 1898 г.

Четвероевангелие: (Сравнит. особенности канонических евангелий по их содерж., главным мыслям и излож.) / М. Муретов. - [М.]: Тип. Свято-Троицкой Сергиевой лавры, ценз. 1900. - 141 с.; 23 см. - Отт. из №№ «Богосл. вестн.» за 1899 и 1900. - Без тит. л. и обл. - Авт. указан в конце текста

Бог - слово и всокресение Христово: (Крат. объяснение пасх. Евангелия Иоанна 1. 1-18) / [Соч.] М. Д. Муретова, проф. Моск. духов. акад. - М.: Унив. тип., 1903. - [1], 28 с.; 24 см. - Отт. из № 4 «Душеполезного чтения». 1903 г.

Новозаветная песнь любви сравнительно с «Пиром» Платона и «Песнью песней»: Актовая речь проф. М. Д. акад. Митрофана Муретова. - Б. м.: Свято-Троицкая Сергиева лавра, собств. тип., 1903. - [2], 92 с.; 26 см. - Отт. из №№ 11 и 12 «Богослов. вестн.» за 1903 г.

Отзыв о переводе песней св. Романа проф. П. И. Цветковым / Проф. М. Д. Муретов. - Б. м.: Свято-Троицкая Сергиева Лавра, собств. тип., 1903. - 39 с.; 24 см. - Отт. из №№ 1 и 2 «Богослов. вестн.» за 1903 г.

Родословие Христа: (Матф. 1, 1-17, Лук. 3, 23-38): Экзегет. исслед. проф. М. Д. акад. М. Д. Муретова. - М.: Унив. тип., 1904. - [2], 140 с.; 25 см

Древнееврейские молитвы под именем апостола Петра с приложениями: О литературных особенностях творений ап. Петра и О значении термина «katholikos» / [Соч.] Митрофана Муретова, проф. Моск. дузов. акад. - Б. м.: Свято-Троицкая Сергиева лавра, собств. тип., 1905. - [4], 170 с.; 24 см

Проект устава православных духовных академий / [Соч.] Засл. орд. проф. Моск. духовной акад. Митрофана Муретова. - Б. м.: Свято-Троицкая Сергиева лавра, собств. тип., 1906. - 44 с.; 25 см

Эрнест Ренан и его Жизнь Иисуса / Проф. М. Д. Муретов. - Спб.: Тип. Монтвида, 1907 (обл. 1908). - III, 428 с.; 24 см. - Прил. к журн. «Странник». 1907, февр.-дек.; 1908 янв.-дек.

Эрнест Ренан и его Жизнь Иисуса / Проф. М. Д. Муретов. - Спб.: Тип. Монтвида, 1907. - 428 с. - Отт. из журн. «Странник» за 1907-8 г.

Критические замечания на книгу проф. Мищенко: Речи ап. Петра в книге деяний апостольских. С прил.: 1) Об апостольском соборе (Деян. 15 гл.) и 2) Об отношении христиан к мирской власти (Деян. 4, 19-20 и 5, 29 в связи с Матф. 22, 15-21, Римл. 13, 1-10 и 1 Петр. 2, 13-20) / Проф. М. Д. Муретов. - Сергиев Посад: Тип. Св.-Троицкой Сергиевой лавры, 1911. - 78 с.; 24 см. - Отт. из №№ «Богослов. вестн.» за 1911 г. - Без тит. л.

Протоиерей Сергий Константинович Смирнов, профессор, инспектор и ректор Имп. Московской духовной академии / М. Д. Муретов, проф. - Сергиев Посад: Тип. Иванова, 1914. - 138, 2 с., 1 л. портр.; 26 см

Новый завет, как предмет православно-богословского изучения / М. Д. Муретов. - Сергиев Посад: Тип. Св.-Тр. Сергиевой лавры, 1915. - [2], 74, [1] с.; 24 см. - Отт. из «Юбил. сб. имп. Моск. духовной акад.»

Четвероевангелие: Сравнительные особенности канонических евангелий по их содержанию, главным мыслям и изложению «Евангелия Иисуса Христа Сына Божия» / Проф. М. Д. Муретов. - 2-е изд., испр. и доп. - Сергиев Посад: Кн. маг. Елова, 1915. - 39 с.; 27 см. - Отт. из журн. «Христианин» за 1915 г.