Безусловно центральной фигурой в творчестве исследовательницы на десятилетия стал Максим Грек. Завершив и издав в 1977 г. свою докторскую диссертацию «Максим Грек в России», Нина Васильевна приступила к работе над грандиозным проектом по научному изданию собрания сочинений этого церковного писателя, над которым трудилась до конца своих дней, выпустив в свет, к сожалению, только два тома из запланированных четырех.

Другим монументальным достижением Нины Васильевны явилась книга «Третий Рим: истоки и эволюция русской средневековой концепции (XV-XVI вв.)» (1998 г.), за которую она была удостоена Макариевской премии 1-й степени. В монографии изучался генезис и начальные этапы формирования концепции «Третьего Рима» - Российского православного царства с центром в Москве как воплощения древней нормы симфонии священства и царства. Н.В.Синицына подчеркивала, что именно древние исторические корни обеспечивают русской государственности и Русской Православной Церкви прочность их «стояния».

С самого начала Нина Васильевна была неизменным активным участником российско-итальянского семинара «От Рима - к Третьему Риму». Нина Васильевна была членом научно-редакционного совета ЦНЦ «Православная энциклопедия», членом Экспертного совета Макариевского Фонда (1999-2013).

ОСНОВНЫЕ ПУБЛИКАЦИИ (согласно странице Н.В.Синицыной на сайте Института Российской истории РАН):

Монографии:

• Максим Грек в России. М., 1977.
• Третий Рим: Истоки и эволюция русской средневековой концепции. XV–XVI вв. М, 1998.
• Сказания о преподобном Максиме Греке. М., 2006 и М., 2008 гг.
• Максим Грек (ЖЗЛ). М., 2008.

Издания документов:

• «Сочинения преподобного Максима Грека». Т. 1. Отв. ред. Н.В. Синицына. М., 2008.
• Идея Рима в Москве. XV–XVI вв.: Источники по истории русской общественной мысли. L’idea di Roma a Mosca. Secoli XV–XVI / Fonti per la storia del pensiero sociale russo. (Подгот. к печати русск. текста.)Roma, 1993 (совм. с Я. Н. Щаповым); Criteri per la scelta dei testi e principidi edizione // Там же. С. XXI–XXVIII; Commenti ai testi // Там же. С. XXXV– LXXII; Nota archeografica (совм. с Я. Н. Щаповым) // Там же. С. ХХIII–LXXXVII.

Статьи:

• Послание Максима Грека Василию III об устройстве афонских монастырей (1518–1519 гг.) // Византийский временник. Т. 26. М., 1965. С. 110–136.
• Книжный мастер Михаил Медоварцев // Древнерусское искусство: Рукописная книга. Сб. 1., 1972. С. 286–317.
• Русская Православная Церковь в XV–XVI вв.: Автокефалия и учреждение Московского патриархата (1448–1589) // Православная церковь в истории России: (Спецкурс лекций). М., 1991.
• История Европы: В 8 т. Т. 3: От средневековья к Новому времени (конец XV — первая половина XVII в.). М., 1993 (член редколлегии; соавтор).
• Из истории раскола последней трети XVII в.: (Соловецкое и Московское восстания) // Макарий (Булгаков), митр. История Русской Церкви. Кн. 7. М., 1996. С. 501–531.
• Симфония священства и царства // Исторический вестник. 2000. № 5/6 (9/10). С. 64–69; № 7 (11). С. 53–58.
• Русская Церковь в период автокефалии; Учреждение патриаршества // Православная энциклопедия. Том: Русская Православная Церковь. М., 2000. С. 59–78;
• Василий III Иоаннович // Православная энциклопедия. Т. 6. М., 2004. С. 115–123; Вассиан (кн. Патрикеев Василий Иванович) // Там же. С. 253–257.
• Русское государство в конце XV–XVI в. // Большая российская энциклопедия. Том: Россия. М., 2004. С. 283–291.
• Монашество и монастыри в России: XI–XX века: Исторические очерки. М., 2002. 346 с. Допечатка: М., 2005 (отв. редактор). Типы монастырей в России и русский аскетический идеал (XV–XVI вв.) // Там же. С. 116–149; Фрагменты Скитского устава (по рукописи РНБ, Погод. 876) // Там же. С. 160–162 (перевод, совм. с Е. В. Беляковой).
• Нестяжательское учение преподобного Максима Грека // Русская патрология: Материалы академической конференции. Сергиев Посад: Издательство Московской Духовной Академии, 2009. С. 451-474.
• Из истории полемики против латинян в XIV в. (о датировке и атрибуции некоторых сочинений Максима Грека) // Отечественная история. 2002. № 6. С. 130–141.
• L’impero della Terza Roma // L’Ortodossia nella nuova Europa: Dinamiche storiche e prospettive. Torino, 2003. P. 87–103.
• Обрушивался ли преп. Максим Грек в Москве на итальянский гуманизм? // Сборник посвященный памяти Л.В. Черепнина. Изд. «Языки русской культуры». М., 2008.