78-летний архиерей представляет Константинопольский Патриархат и является сопредседателем Международной католико-православной комиссии по богословскому диалогу. В октябре на Кипре прошла встреча комиссии, на которой обсуждалась проблема отношения католиков и православных к роли Римского епископа, разногласий, приведших к разделению Церквей. Местная полиция арестовала нескольких противников экуменизма, протестовавших против встречи. Участники форума обсудили «негативную реакцию определенных православных кругов на этот диалог, и единогласно назвали ее необоснованной и неприемлемой», заявил митрополит Иоанн. Он также напомнил, что во встрече на Пафосе приняла участие делегация Русской Православной Церкви, которая покинула предыдущее заседание комиссии, прошедшее в Равенне в 2007 году.
Диалог с Католической Церковью — «самая важная, но и самая трудная» задача для православных, подчеркивает иерарх. «Нужно решить еще так много вопросов, путь предстоит очень длинный, и людям злой воли еще представится возможность на многое отреагировать», — сказал митрополит. Отношение к роли Римского епископа — проблема не только экклезиологии, она имеет серьезные догматические и вероучительные аспекты, подчеркивает митрополит Иоанн.
Следующая встреча Комиссии, сопредседателем которой от Католической Церкви является кардинал Вальтер Каспер (глава Папского совета по содействию христианскому единству), состоится в сентябре 2010 года в Вене.