По благословению наместника Свято-Успенской Святогоской Лавры епископа Святогорского Арсения братией Всехсвятского скита во главе со скитоначальником архимандритом Амвросием (Бобровым) были предприняты раскопки для обнаружения братских погребений на Всехсвятском кладбище и установка на могилах крестов.
Прямо за алтарем Всехсвятской церкви на глубине около метра братией был обнаружен кирпичной свод, разобрав который они увидели небольшой деревянный ящик, завернутый в ткань. О случившимся сразу же доложили наместнику. Вечером 7 июля епископ Арсений прибыл на территорию скита. В открытом гробу было обнаружено монашеское погребение, на дне которого найдена стеклянная бутылка с листком бумаги, закрытая пробкой. В обнаруженной записке был следующий текст:
«Во имя Отца и Сына и Святаго Духа.
Милостию Божиею здесь погребены останки Всечестнейшаго Настоятеля Архимандрита Арсения перваго по возобновлении обители. Он был погребен в скале вблизи храма во имя праведнаго Алексия человека Божия, и в 1923 году в апреле месяце останки кем-то были выброшены под скалу, и когда мы, иноки, приютившиеся возле уцелевшей Всехсвятской церкви, узнали, то я, настоятель Всехсвятской церкви игумен Михаил, попросил пономаря иподиакона Никона пойти и собрать косточки перваго настоятеля отца Архимандрита Арсения, где он, к великой радости, подобрал и дорогую главу. Итак, по моему распоряжению и сделан сей гробик, и вложены косточки, и по внушению свыше погребены мною здесь в чтимой могилке подвижника и прозорливца иеромонаха Исаакия тако Господу Богу благоизволившему.
Милостию Божиею настоятель сего Всехсвятского храма недостойный игумен Михаил со своею духовною дружиной, малым числом иноков: болящим иеросхимонахом Ювеналием, иеромонахами Климентом и Иакинфом, архидиаконом Александром, иеродиаконами Авраамием и Иоанном, монахом Иримием, иподиаконом Никоном и послушником Феодосием Сотниковым Старобельскаго уезда.
1925 г. 28 апреля.
Отцы дорогие подвижники, умолите о нас Господа Вседержителя Милосерднаго Отца Небеснаго, чтобы он сохранил нас и сей храм для прославления Имени Его Святаго, и чтобы мы могли и о вас вознести молитвы у жертвенника Божия. Надеемся на Ваши усердные молитвы.
Убогий инок И. Михаил с братиею».
Весть об этом событии облетела монастырь и вся братия собралась на совместную молитву во Всехсвятский скит. Епископом Арсением был отслужен молебен прпп. Арсению и Исаакию Святогорским, после чего Владыка поведал братии историю обретения мощей и зачитал записку о. Михаила. Затем приступили к поднятию мощей. При этом вся братия засвидетельствовала сильное благоухание, исходившее от мощей.
Далее приступили к поиску мощей прп. Исаакия. Гроб оказался очень глубоко. Мощи святых преподобных Арсения и Исаакия были положены в гробы и перевезены в ризницу. В скором времени мощи будут положены в Успенском соборе для всеобщего поклонения.
По словам наместника Свято-Успенской Святогорской Лавры Преосвященнейшего Арсения, епископа Святогорского, «открытие мощей двух преподобных отцев-подвижников Святых Гор — это свидетельство великой милости Божией. Год назад сонм архипастырей и народ Божий прославили в Святогорской Лавре собор святых отцев, иже во Святы Горах на Донце подвизавшихся. Ко времени прославления братия монастыря располагала сведениями и открыла мощи нескольких насельников. Судьба остальных мощей оставалась неизвестной, а вероятность их обретения была ничтожно малой. Обретение мощей святых преподобных Арсения и Исаакия есть свидетельство промысла Божия о Церкви и Святых Горах».