В соответствии с настроем нового 266-го главы Католической Церкви, выраженным уже с момента его избрания на папский престол выбором имени в честь «апостола бедных» св. Франциска Ассизского, новый Папа решил обойтись без особой пышности при совершении своей интронизации. После Второго Ватиканского собора Папы перестали короноваться и вообще отказались от ношения тиары с тройной короной. Кроме того, Папа Франциск решил существенно сократить время самой церемонии интронизации.
Церемония началась в 12.30 у гробницы с мощами св. апостола Петра в ватиканской базилике св. Петра. Перед этим Папа Франциск прибыл на площадь перед собором. Понтифик проехал вдоль собравшихся паломников на открытом джипе, а не в традиционном папамобиле. Папа объехал площадь и выехал за пределы государственной границы Ватикана, проехав по соседним улицам Рима, где также находились паломники. Франциск неоднократно останавливался, чтобы поцеловать ребенка или инвалида.
Перед началом Мессы кардинал-протодьякон француз Жан-Луи Туран возложил на Франциска папскую мантию. Традиционный символ папской власти - "перстень рыбака" – Папе Франциску вручил кардинал Анджело Содано, декан Коллегии кардиналов. Папский перстень впервые по просьбе Франциска изготовлен не из золота, а из позолоченного серебра. На Папу Франциска также был возложен палиум из белой шерсти с вышитыми красными крестами. Облачение Папы было предельно скромным. На его голове была простая епископская митра, которую он использовал в бытность архиепископом Буэнос-Айреса.
Затем на площади Святого Павла началась торжественная Месса. Она совершалась на латинском языке. В ходе Мессы Папа Франциск произнес проповедь, главной темой которой стал призыв ко всем верующим мира защищать самых слабых и нуждающихся, проявляя тем самым любовь Христову.
Универсальный характер Католической Церкви подчеркнули прозвучавшие в ходе Мессы краткие молитвы на французском, арабском, китайском, суахили и русском языках. «Поцелуй мира» Папе Франциску перед причастием преподали Константинопольский Патриарх Варфоломей и Католикос всех армян Гарегин II.
Месса завершилась причастием, после чего Папа проследовал в собор св. Петра, где ему представлялись главы и представители 132 государств мира, прибывшие на церемонию его интронизации.
В числе почетных гостей церемонии были президент Италии Джорджо Наполитано, и.о. премьер-министра Италии Марио Монти, президент Аргентины Кристина Фернандес де Киршнер (прежде у кардинала Бергольо с ней были весьма сложные отношения), президент Польши Бронислав Коморовский, президент Сербии Томислав Николич, король Бельгии Альберт II, князь Монако Альберт II, канцлер ФРГ Ангела Меркель, вице-президент США Джозеф Байден (первый в истории США католик вступивший на этот пост), премьер-министры Франции Жан-Марк Эйро и Испании Мариано Рахой, герцог Глостерский Ричард (двоюродный брат королевы Великобритании Елизаветы II) и другие главы и представители государств мира.
Российскую делегацию возглавил спикер Госдумы Сергей Нарышкин, в составе делегации — заместитель министра иностранных дел РФ Алексей Мешков и художественный руководитель Мариинского театра Валерий Гергиев. Делегацию Русской Православной Церкви возглавил председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев). В составе делегации — митрополит Феодосийский и Керченский Платон (Удовенко), который многие годы возглавлял епархию Русской Православной Церкви в Аргентине и Латинской Америке и лично знаком с Папой Римским.
По решению властей Рима на время проведения Мессы все окрестности Ватикана были полностью освобождены от автотранспорта. Вход на площадь Святого Петра на папскую Мессу был свободный. На площади были установлены 6 больших экранов, которые позволили тысячам верующих следить за церемонией. Мэрия Рима также разрешила бесплатный проезд в метро в первой половине дня и ввела три дополнительных специальных автобусных маршрута.