Древнетюркские рунические памятники как источник по истории Средней Азии. М., 1964;
Восточный Туркестан глазами русских путешественников (вторая половина XIX в.). Алма-Ата, 1988 (в соавторстве с А.А. Колесниковым). Пока в электронном виде доступны только предисловие и оглавление;
Казахстан. Летопись трех тысячелетий. Алма-Ата, 1992 (в соавторстве с Т.И. Султановым): https://www.box.com/s/45e7e8e78d0eeca8c765
История Центральной Азии и памятники рунического письма. СПб., 2003. Пока в электронном виде доступны только предисловие и оглавление;
Степные империи древней Евразии. СПб., 2005 (в соавторстве с Д.Г. Савиновым): https://www.box.com/s/a7722250907bc47baf76
Памятники древнетюркской письменности и этнокультурная история Центральной Азии. СПб., 2006: https://www.box.com/s/de0914d7ef0f51492a4f
Государства и народы Евразийских степей: от древности к Новому времени. СПб., 2009 (в соавторстве с Т.И. Султановым): https://www.box.com/s/a8c5f84d0febf34a2f46
Рунические памятники Уйгурского каганата и история евразийских степей. СПб., 2010. Пока в электронном виде доступны только предисловие и оглавление
Некоторые статьи С.Г. Кляшторного выложены здесь.