Монастырский комплекс, внесенный в 1996 году в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, на протяжении последних 5 лет находится в аварийном состоянии. На куполе монастырской церкви Сурб Аствацацин (Святой Богоматери) растут деревья, повреждая конструкцию здания храма. В прошлом году после многочисленных требований общественности Армении обратить внимание на плачевное состояние памятника, правительство республики приняло решение начать разработку плана. Как сообщает Минкультуры Армении, в третьем квартале текущего года уже должны начаться непосредственно реставрационные работы. Научно-методический Совет Минкультуры одобрил проекты по восстановлению и укреплению монастырских церквей Святой Богородицы, Святого Всеспасителя, усыпальницы близ них, а также монастырской семинарии Григория Магистроса.
Также в сообщении ведомства отмечается, что в период с 2010 по 2011 гг еще до начала составления проектно-расчетной документации по укреплению и восстановлению Санаина по инициативе Минкультуры Армении было проведено комплексное научное исследование строений наиболее разрушенного западного крыла монастырского комплекса с целью их дальнейшего восстановления. За это время эксперты института археологии и этнографии НАН Армении провели археологические исследования и частичные раскопки на территории монастыря. Также, эксперты из Венецианского реставрационного центра, а также Берлинского университета высоких технологий с помощью лазерного оборудования провели трехмерное измерение — 3D-scan, определяющее причины деформации и возникновения трещин на стенах памятников в составе комплекса, их характер и нынешнее состояние. Свои предложения по гидроизоляции покрытий исторического памятника с применением современных технологий представили также эксперты французской организации «Земля и культура». Были проведены работы по исследованию сейсмической устойчивости конструкций, изучены основания строения монастыря, по результатам которых было вынесено инженерно-геологическое заключение о состоянии монастырского комплекса, выдвинуты предложения по наиболее эффективным способам его сохранения.
Санаин находится на севере Армении близ металлургического города Алаверди. В трех километрах от Санаина располагается еще один прославленный монастырский комплекс Ахпат. Он также внесен в список Всемирного наследия ЮНЕСКО. Комплекс был основан в правление армянского царя Аббаса Багратуни (928—951 гг.). В народе говорят, что Санаин был основан еще ранее Ахпата. Отсюда и его название. С местного лорийского диалекта армянского языка Санаин — Sa nrani hine, дословно означает «этот старше того». Санаин владел обширными земельными угодьями, численность братии в X -XI вв. доходила до 300—500 человек. В монастыре имелись скрипторий, где производилась переписка книг, библиотека и академия (chemaran). На территории монастыря, близ основной группы зданий имеется ряд других сооружений (усыпальница князей Захарянов и князей Аргутинских-Долгоруких, 1189 г; часовня Саркиса, церковь Карапета и др.). В ущелье р. Дебет — одноарочный мост (конец XII в.).