Ο ναός του Πρωτάτου εκτός από την ενδιαφέρουσα οικοδομική ιστορία του, η οποία αρχίζει πολύ πριν το 963, διασώζει ένα από τα καλύτερα ζωγραφικά σύνολα της ύστερης βυζαντινής περιόδου.
Συγκεκριμένα οι τοιχογραφίες του αποδίδονται στον περίφημο ζωγράφο Μανουήλ Πανσέληνο την τελευταία δεκαετία του 13ου αιώνα και είναι από τα λαμπρότερα δείγματα της λεγόμενης Μακεδονικής Σχολής στη ζωγραφική.
Οι συνολικές εργασίες αποκατάστασης θα χρηματοδοτηθούν με 3,3 εκατομμύρια ευρώ ενώ άλλα 3,2 εκατομμύρια περίπου θα διατεθούν για τη συντήρηση κειμηλίων του Αγίου Όρους (τοιχογραφίες, φορητές εικόνες, χειρόγραφα, ξυλόγλυπτα, έργα μικροτεχνίας κ.λπ.) των βυζαντινών και μεταβυζαντινών χρόνων.
Δύο ακόμη αποφάσεις της Περιφέρειας Κεντρικής Μακεδονίας προβλέπουν τη στερέωση και αποκατάσταση του βυζαντινού πύργου Μαρμαρίου στην Αμφίπολη του νομού Σερρών, προϋπολογισμού 395.000 ευρώ και τη συντήρηση των τοιχογραφιών του καθολικού της Ιεράς Μονής Τιμίου Προδρόμου Σερρών, προϋπολογισμού 600.000 ευρώ.
Σημειώνεται ότι η Μονή Τιμίου Προδρόμου αποτελεί το σπουδαιότερο βυζαντινό μνημείο του νομού Σερρών και ένα από τα πιο σημαντικά μοναστικά ιδρύματα βυζαντινών χρόνων στη Βόρεια Ελλάδα.