Дидимотика является местом рождения императора, память которого отмечена в греческом синаксаре 4 ноября. Идея посвящения императору храма принадлежит митрополиту Дидимотики и Орестиады Дамаскину. Земля под строительство церкви была выделена городской общиной.
В честь освящения храма накануне в городе состоялось литийное шествие с иконой святого императора, а в день праздника митрополит Дамаскин отслужил в новом храме первую литургию. В греческих минеях император упоминается как святой Иоанн Ватаци Милостивый. Его память почиталась в греческой общине в Малой Азии, особенно в Эфесе.
В XIV в. Пелагонийский епископ Георгий написал Житие святого императора Иоанна Милостивого, в котором упомянул многочисленные чудеса святого. На основе этого жития прп. Никодим Святогорец в XIX в. по поручению Эфеского митрополита составил богослужебное последование в честь святого императора.