В миру - Амфитеатров Феодор Георгиевич, в схиме - Феодосий.
В 1814 был назначен на должность инспектора во вновь открывавшуюся Московскую Духовную Академию. Это назначение состоялось по указанию ректора Санкт-Петербургской академии архимандрита Филарета (Дроздова).
Прибывший на новое место назначения архим. Филарет занялся благоустройством открывавшейся академии. 1 октября 1814, в день праздника Покрова Пресвятой Богородицы, состоялось торжественное открытие Московской духовной академии.
Архимандрит Филарет, будучи инспектором, а через год и ректором академии, проявил себя глубоким знатоком своего дела. Он был и наставником, и преподавателем, и настоящим отцом для своих воспитанников. Лекции его по догматическому богословию отличались краткостью, ясностью и доступностью и посещались студентами с большим желанием. По словам самих слушателей, в его лекциях слышалось что-то в роде благовествования, а потому и слушались они с благоговением.
Впоследствии догматическое богословие читалось по конспектам лекций архим. Филарета.
Отношения ректора со студентами были дружески-братские. Он имел подход к каждому, воспитывал своих питомцев не наказаниями, а внушением и примером личного поведения. Ректор не хвалил провинившихся, но щадил их и таким методом воспитания почти всегда добивался положительных результатов. Его воспитанники так впоследствии отзывались о своем ректоре: «Управление его в академии было истинно отеческое, мы были для него дети родные».
В период ректорства архим. Филарета дважды проводились ревизии Московской академии ректором С.-Петербургской академии Филаретом. Результаты этих ревизий наглядно выразились в следующем факте: после второй ревизии в 1818 ректор С.-Петербургской академии Филарет, тогда уже епископ Ревельский, снял с себя панагию и подарил ее ректору Московской академии в знак особого уважения и признания его заслуг. О высокой оценке ректорской деятельности архим. Филарета свидетельствовал и тот факт, что за четыре года ректорства он 6 раз был удостоен различных наград и поощрений.
1 июня 1819 он был хиротонисан во епископа Калужского и Боровского.