Своего рода катализатором для реализации данного плана стал Культуркампф, с начала 1873 года вспыхнувший с большой силой в католической части тогдашней Бернской Юры. Кантональное правительство, поддерживаемое в этой борьбе либерально-радикальными кругами, объединенными в Базельской католической диоцезальной конференции, целенаправленно осуществило идею создания католического богословского факультета, независимого от официальных властей Римско-католической церкви.

Для новообразованного факультета большой трудностью было найти подходящих профессоров. Среди них был только один швейцарец, Эдуард Герцог, который раньше был профессором Экзегетики в богословском учебном заведении Люцерна. Остальные профессора были из Германии и Франции. Свои лекции для кандидатов в духовенство из католической Юры они были обязаны читать по-французски. 7 ноября 1874 были произведены последние назначения, и уже через неделю факультет во главе с деканом Иоганном Фридрихом был официально учрежден. Иоганн Фридрих некогда был профессором в Мюнхене и учеником Игнаца фон Деллингера, известного лидера оппозиционного движения против так называемого Папского декрета I Ватиканского собора 1870 года.

Открытие факультета 11 декабря 1874 года было отмечено с большим энтузиазмом как настоящий праздник со многими приглашенными гостями и факельным шествием, ибо, по мнению основателей нового факультета, этим была создана важная предпосылка для обновления Римско-католической церкви в демократическом духе.

Для какой Церкви предназначалось будущее духовенство, которое не принял бы ни один римско-католический епископ? В течение 1871 - 1876 годов на волне протеста против идеологии оказавшегося у власти при папе Пие IX ультрамонтанизма, совершенно отгородившегося от современных форм церковно-государственных отношений, возникла церковная организация, состоящая из католиков готовых выйти из подчинения Римскому папе. Созданный ими в 1875 году в г. Ольтен (Швейцария) национальный синод избрал годом позже профессора Нового Завета Эдуарда Герцога своим епископом. Во многом благодаря ему, старокатолики Швейцарии смогли освободиться от некоторой хаотичности, связанной с политической борьбой, и достичь таких форм церковного устройства, которые ориентировались бы на библейские и древне-церковные корни. Этому также содействовало подрастающее поколение приходского духовенства, на образование и воспитание которого оказывали влияние епископ Герцог и его коллеги по университету, и в духе которых выпускники факультета действовали в своих церковных общинах.

В 1889 году старокатолические церкви Голландии, Германии и Швейцарии объединились в так называемый Утрехтский союз. Позднее к нему присоединились и другие старокатолические церкви (швейцарские старокатолики с 1874 года стали назвать себя «христокатоликами»). Сформулированная в начале 70-х годов XIX века университетскими профессорами (в основном отлученными от Римско-католической церкви) программа ставила перед старокатолическим движением три главных цели: протест против одержавшей победу в 1870 году новой церковной конституции, реформа Римско-католической церкви в духе так называемой древней неразделенной Церкви первого тысячелетия и участие в восстановлении единства между церквями. Эта программа вызвала широкий резонанс в кругах православной и англиканской церквей, в диалоге с которыми старокатолицизм развивался долгое время. Профессора Бернского университета играли в этом диалоге важную роль.

Экуменическому и богословскому диалогу служит и издающийся в Берне профессорами и выпускниками факультета с 1893 года до сего дня журнал «Internationale Kirchliche Zeitschrift» (до 1910 назывался «Revue Internationale de Théologie», с 1911 стал носить новое название «Internationale Kirchliche Zeitschrift»). Его первые выпуски под редакцией профессора Ойгена Мишо (Eugène Michaud) быстро стали впечатляющим форумом международного богословского обмена. В 1931 году  было достигнуто соглашение о церковном единстве с церквями всего англиканского содружества. Не прекращает Старокатолическая церковь вести диалог и с поместными православными Церквями.

Все это объясняет, почему учащиеся из вышеназванных церквей приезжают на учебу в Берн. Из 400 закончивших факультет (по данным 1999 г.) около половины иностранцы, а именно около 100 из других старокатолических церквей (прежде всего из Германии, Голландии, Австрии, Польши), другие 100 из восточноевропейских православных Церквей и 9 из церкви Англии и епископальной церкви США. Если для студентов из Швейцарии на первом плане находится высшее образование с госэкзаменом или лицензиат, то иностранцы более интересуются последипломным обучением или докторантурой.

Декрет об учреждении факультета предусматривал максимальное число профессоров семь. Это число никогда не было достигнуто. С 1883 года число профессоров, с небольшими перерывами, было всегда четыре. Обучение по классическим специальностям (Библеистика, История Церкви, Систематическое и Практическое богословие), а также исследовательская работа находятся в более тесной связи с целями и задачами Христокатолической Церкви чем, пожалуй, у других богословских факультетов. Это вопросы структуры церковной общины, соотношения свободы и авторитета в горизонте христианской традиции, которые в разных аспектах стоят в центре внимания.