Родился в Гайоре (Венгрия) в 1924 г. После окончания подготовительной школы Джедлика и Юниор-колледжа в 1942 поступил в орден бенедиктинцев. После завершения своего постдипломгого обучения в области философии, богословия и математики в 1947 г. прибыл в Рим, чтобы завершить свою докторскую работу по теологии в Понтификальном институте св. Ансельма. В 1948 г. был рукоположен в сан священника., а в 1950 г. получил степень доктора богословия в области систематического богословия (STD) Понтификального института.

         Переработанный вариант его диссертации был опубликован в 1956 г. в Риме под названием «Новые тенденции экклезиологии» (Les tendances nouvelles de l'ecclésiologie), и был переиздан вновь в 1963 г. в связи с усилением интереса к этой теме в период Второго Ватиканского собора.

         С 1951 года о. Стенли Яки преподавал систематическое богословие в богословской школе колледжа св. Винсента, Латроб, Пенсильвания. В то же самое время он посещал в этом колледже курсы по истории Америки, литературе, математике и наукам для того, чтобы стало возможно признание его постдипломного образования, которое он получил в Венгрии. В 1954 г. колледж св. Винсента присвоил ему степень бакалавра наук. В сентябре того же года он поступает в аспирантуру Фордхемского университете и в 1957 г. защищает диссертацию по физике (PhD). Его докторское исследование было выполнено под руководством доктора Виктора Ф. Гесса, нобелевского лауреата и открывателя космического излучения,  и было опубликовано в июне 1958 г. в журнале геофизических исследований под названием «Исследование распределения радона, тория и продуктов их распада над и под землей».

         С 1958 по 1960 гг. Яки занимался исследованиями по истории и философии физики в Стенфордском университете и университете Калифорнии, Беркли. С 1960 по 1962 гг. был членом программы по истории и философии науки Принстонского университета. С 1965 г. проф. Яки преподавал в Ситон-холл университете, где получил в 1975 г. степень заслуженного профессора университета. С 1966 по 1967 гг. занимался исследованиями в Принстонском институте фундаментальных исследований. С 1974 по 1976 гг. проф. Яки читал курс Гиффордовских лекций в Эдинбургском университете, в 1977 г. лекции Фирмантла в Бейллиол-колледже, Оксфорд, Йельском университете (1980), а также в 1988-1989 гг. в Оксфордском университете.

Стенли Яки был удостоен премии фонда Джона Темплтона в 1987 г. Является почетным доктором университета Центрального Мичигана (1974), университете Стьюбенвилля (1986), колледжа св. Ансельма (1988), университета Маркетта (1989), колледжа св. Винсента (1989), Фордхемского университета (1991), университета Ситон-холла (1991). В 1990 г. удостоен звания почетного члена Понтификальной академии наук.

         Будучи одним из ведущих авторов в области диалога науки и религии, Стенли Яки хорошо известен своим агрессивным стилем аргументации. Яки делает сильное утверждение о существенно христианском происхождении науки. Одним из центральных аргументов Яки является идея о том, что возникновение науки на Западе является следствием убеждения в том, что вселенная является рациональной. Эта вера родилась в древней Греции, но это была «мертворожденная» вера. Только в христианской Церкви, особенно в средневековой церкви, эта наука полностью развилась на сцене цивилизации. Это рассмотрение исторической аргументации с богословской или апологетической целью. Яки желает убедить своих читателей в том, что только в христианском богословии вселенная истинно открывает себя как сотворенная реальность. Наука оформилась благодаря метафизической вере в порядок космоса, что стало в конечном счете возможно благодаря Воплощению Бога Слова или Логоса. Характерно, что эта метафизическая вера противостоит религиозному или философскому взгляду, который акцентирует внимание на вечно повторяющихся циклах, как, например, было в цивилизациях Индии и Китая.

         Цитируя фундаментальное исследование о науке в Китае Джозефа Нидема, озаглавленное «Наука и цивилизация в Китае», Яки замечает, что китайская мысль не была враждебной науке изначально. Но наука пошла по «слепой дороге» в Китае вследствие «достаточно раннего исчезновения в Китае веры в рационального Законодателя или Творца мира». В противоположность этому, христианский Запад утверждал «совершенно отличный богословский подход, который подразумевал линейный процесс от абсолютного начала или творения всего, до абсолютного конца, который стал общепринятым взглядом, когда наука после долгого времени нашла свой путь к неограниченному прогрессу».

         Одного ученого Яки выделяет как мыслителя, который правильно понял отношение между христианством и наукой. Это Пьер Дюгем. Для Яки Дюгем является правым в двух подходах. Первый - философский. Метафизика не ограничивает научного исследования, и метафизика не является следствием науки. И второй: корни современной науки лежат, главным образом, в средневековых научных концепциях импетуса и инерции, а не в научной революции XVII века. Согласно Дюгему, эти две средневековых концепции являются необходимым краеугольным камнем ньютоновской механики. Для Яки это является еще одним доказательством того, что средневековая наука с ее христианскими корнями не являлась тормозящим и иррациональным предприятием, в чем так часто обвиняли ее современные историки. Скорее, наука укоренена в научном и философском завершении этой наиболее церковной эпохи. Церковь была изначальным другом науки, а не врагом. Церковь являлась центром веры, выражением веры в ответ на откровение. Как таковой, Яки настаивает на католическом пути формирования диалога между наукой и христианством: «Вместо отношения Библии и Науки следует говорить об отношении Символа Веры и Науки. Поступая так можно также оправдать историческую реальность первого отношения. Какой бы ни была озабоченность отцов Церкви наукой, в конечном счете они хотели доказать истинность Символа Веры».

1966. The Relevance of Physics. University of Chicago Press.

1969. Brain, Mind and Computers. Herder & Herder.

1969. The Paradox of Olbers' Paradox. Herder & Herder.

1973. The Milky Way: an Elusive Road for Science. New York: Science History Publications.

1974. Science and Creation: From Eternal Cycles to an Oscillating Univers. Edinburgh: Scottish Academic Press.

1978. Planets and Planetarians. A History of Theories of the Origin of Planetary Systems. John Wiley & Edinburgh: Scottish Academic Press.

1978. The Road of Science and the Ways to God. Univ. of Chicago Press, and Edinburgh: Scottish Academic Press. ISBN 0-226-39145-0

1978. The Origin of Science and the Science of its Origins. Scottish Academic Press.

1980. Cosmos and Creator. Scottish Academic Press. ISBN 0-7073-0285-4

1983. Angels, Apes and Men. La Salle IL: Sherwood, Sugden & Co. ISBN 0-89385-017-9

1984. Uneasy Genius. The Life and Work of Pierre Duhem. The Hague: Nyhoff.

1986. Chesterton, a Seer of Science. University of Illinois Press.

1986. Lord Gifford and His Lectures. A Centenary Retrospective. Edinburgh: Scottish Academis Press, and Macon, GA.: Mercer University Press.

1986. Chance or Reality and Other Essays. Lanham, MD: University Press of America & Intercollegiate Studies Institute.

1988. The Absolute Beneath the Relative and Other Essays. Lanham, MD: University Press of America & Intercollegiate Studies Institute.

2000 (1988). The Savior of Science. W. B. Eerdmans. ISBN 0-8028-4772-2

1989. Miracles and Physics. Front Royal. VA.: Christendom Press. ISBN 0-931888-70-0

1989. God and the Cosmologists. Regnery Gateway Inc.; Edinburgh: Scottish Academic Press.

The Purpose of it All (alternate title for God and the Cosmologists)

1990. The Only Chaos and Other Essays. Lanham MD: University Press of America & Intercollegiate Studies Institute.

1991. Scientist and Catholic, An Essay on Pierre Duhem. Front Royal, VA.: Christendom Press.

1998 (1992) Genesis 1 Through the Ages. Edinburgh: Scottish Academic Press.

1996. Bible And Science. Front Royal, VA: Christendom Press. ISBN 0-931888-63-8