В ноябре 1996 года указом митрополита Минского и Слуцкого Филарета, Патриаршего экзарха всея Беларуси, в Минскую духовную академию была зачислена первая группа студентов. С этого момента молодая богословская школа начала свои первые шаги, организовывался образовательный процесс, формировался профессорско-педагогический состав, появлялись первые ростки академической науки, строились планы о будущем переезде в столицу Республики Беларусь.
Открытию академии предшествовала длительная работа, главным инициатором которой выступил владыка Филарет, в то время митрополит Минский и Гродненский, Патриарший экзарх всея Беларуси. Вопрос об открытии академии впервые был поставлен на заседании Синода Белорусской Православной Церкви 5 ноября 1990 года. Инициатива белорусского Синода получила одобрение Священного Синода Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 30 января 1991 года. Однако подготовительная работа была завершена только к 21 февраля 1996 года, когда последовало определение Священного Синода Русской Православной Церкви благословить начало деятельности Белорусской духовной академии. 18 октября 1996 года Белорусский Синод одобрил Устав Минской духовной академии имени святителя Кирилла, епископа Туровского, а 27 ноября 1996 года было получено Свидетельство о регистрации академии.
На протяжении первого года непосредственное руководство академией осуществлял митрополит Филарет. Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 26 декабря 1997 года первым ректором был назначен архимандрит Леонид (Филь), ректор Минской духовной семинарии по совместительству, ныне епископ Туровский и Мозырский. С 2008 по 2012 год ректором был архимандрит Иоасаф (Морза), в настоящее время являющийся профессором Киевской духовной академии, а с 2012 по 2014 год академией руководил архиепископ Новогрудский и Лидский Гурий (Апалько). С декабря 2014 года послушание ректора несет архимандрит Сергий (Акимов).
Одной из важнейших проблем новой академии была кадровая проблема. Основатель академии, митрополит Филарет, с самого начала хотел держать планку требований к причастным к академии людям достаточно высоко, как это было и в случае с минским факультетом теологии Европейского гуманитарного университета, который впоследствии стал Институтом теологии Белорусского государственного университета. В первые годы к преподаванию в академии привлекались ведущие специалисты в области богословия, истории, религиоведения, философии, филологии из Республики Беларусь, стран Ближнего и Дальнего Зарубежья, весь цвет как церковной, так и близкой к Церкви светской науки 1990-2000-х годов. Считаю необходимым назвать их имена. В числе первых преподавателей были митрополит Иларион (Алфеев), профессор митрополит Пантелеимон (Радопулос) (Фессалоники, Греция), протопресвитер профессор Виталий Боровой (Московская духовная академия), профессор Д.В. Поспеловский (Онтарио, Канада), профессор протоиерей Владислав Цыпин (МДА), профессор протоиерей Валентин Асмус (МДА), профессор Н.К. Гаврюшин (МДА), профессор архимандрит Ианнуарий (Ивлиев) (Санкт-Петербургская духовная академия), протоиерей Василий Строганов (МДА), профессор М.М. Дунаев (МДА), профессор А.А. Алексеев (Санкт-Петербургский государственный университет), профессор архимандрит Августин (Никитин) (СПбДА), протоиерей Олег Давыденков (Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет), протоиерей Михаил Фортунато (Лондон, Великобритания), профессор архимандрит Платон (Игумнов) (МДА), профессор А.К. Светозарский (МДА), протоиерей Александр Сорокин (СПбДА), профессор А.И. Сидоров, профессор протоиерей Владимир Мустафин (СПбДА), профессор В.М. Кириллин (МДА), профессор протоиерей Максим Козлов (МДА).
К преподаванию в академии привлекались и ведущие светские специалисты из белорусских высших учебных заведений. В дальнейшем штат преподавателей пополнялся из числа лучших выпускников Минской, Московской, Санкт-Петербургской духовных академий, а также высших богословских учебных заведений Греции, Германии, Австрии, Швейцарии, Италии. После обучения в Европе в Жировичах преподавали епископ Серафим (Белоножко), архимандрит Иоасаф, архимандрит Никодим (Генералов), протоиерей Алексий Васин, протоиерей Николай Болоховский, протоиерей Георгий (Рой), иерей Виктор Кулага, протоиерей Александр Железный и другие. Однако кадровая проблема академии до конца пребывания в Жировичах окончательно так и не была решена. Академия сильно зависела от внешних преподавателей, проживающих на удаленном расстоянии в других городах, например, в Минске, Гродно. В связи с реформированием академии в 2012 году и началом перевода академии в Минск данная проблема во многом была решена.
Поначалу непростыми были и бытовые условия. Но этот вопрос, благодаря немалой помощи со стороны белорусского государства, заинтересованного в подготовке собственных церковных специалистов высокого уровня, постепенно решался. Время основных тягот, связанных с продолжительным ремонтом зданий, пришлось на годы первого ректора академии архимандрита Леонида, нынешнего епископа Туровского и Мозырского.
Имелась и определенная проблема с информационным обеспечением образовательного процесса и научной работы. В Жировичах была собрана очень хорошая богословская библиотека. Много усилий на ее формирование потратил митрополит Филарет. Большую заботу о библиотеке, пополнении ее фондов современными изданиями проявлял архимандрит Леонид (Филь). Можно сказать, что библиотека в полной мере отвечала потребностям семинарии. Однако она была недостаточна для научной работы академистов, которым приходилось обращаться в библиотеки других духовных школ. Для церковно-исторических исследований были важны архивы, которые располагались в центральных городах, то есть на существенном расстоянии.
Академия была открыта в 1996 году. Однако двумя годами ранее в Минске в Европейском гуманитарном университете при непосредственном участии Белорусской Православной Церкви появился факультет теологии. Духовные школы и факультет теологии ЕГУ (а в дальнейшем — и Институт теологии БГУ) объединяла в первую очередь личность митрополита Филарета, который стремился вникать в мельчайшие тонкости жизни этих учебных заведений. Многие преподаватели факультета регулярно приезжали в Жировичи для проведения учебных занятий. Эти поездки, которые традиционно проходили по средам, нередко курировал сам владыка митрополит. В духовную академию поступали выпускники факультета теологии, преподавателями академии становились и выпускники факультета, продолжившие обучение в Европе. Среди выпускников факультета, ставших достаточно успешными преподавателями — Владимир Александрович Мартинович, иерей Святослав Рогальский, Сергей Иосифович Шатравский, иерей Михаил Самков.
Значительная роль факультета теологии, а потом и Института теологии БГУ для развития Минской духовной академии стала очевидной в связи с кардинальной реформой духовного образования, начавшейся в 2012 году, когда современный облик академии формировался в том числе специалистами, получившими ценный опыт административной, учебно-методической, педагогической, научно-исследовательской, организационной работы в учебном заведении, работающем по государственным стандартам. Без этого опыта невозможно было бы осуществить реформирование академии так, как это было сделано в 2012-2014 годах. Иными словами, в современной академии произошло слияние двух традиций, которые в равной степени были заложены в Беларуси митрополитом Филаретом — традиции духовного богословского и традиции светского теологического образования.
Особое внимание митрополита Филарета к духовным школам привело к тому, что Жировичи стали широко известны не только как духовный центр Православной Церкви Беларуси, но и как центр научной и общественной жизни. Академию и семинарию в Жировичском монастыре посещали известные церковные, государственные, общественные и политические деятели. Дипломы почетных докторов академии в разные годы были вручены таким известным людям, как митрополит Киевский и всея Украины Владимир; митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев), председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата; епископ Евангелическо-лютеранской церкви в Вюртемберге Герхард Майер; протопресвитер Георгий Антониу из Кипрской Православной Церкви; протоиерей Владимир Александрович Тимаков. Почетными членами академии за прошедшие два десятилетия стали митрополит Киевский и всея Украины Владимир; архиепископ Верейский Евгений, ректор Московских духовных школ; Патриарх Великой Антиохии и всего Востока Игнатий; Митрополит Варшавский и всея Польши Савва; профессор Московской духовной академии Скурат Константин Ефимович; Архиепископ Пражский, Митрополит Чешских Земель и Словакии Христофор; архиепископ Юкка Паарма, примас Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии; профессор Корнельского университета Холодный Андрей Игоревич; ректор Белорусского национального технического университета Хрусталев Борис Михайлович; ректор Гродненского государственного медицинского университета Гарелик Петр Васильевич.
В духовных школах в Жировичах регулярно проводились многочисленные научные конференции, в которых принимали участие представители церковной и светской науки как из нашей страны, так и из стран дальнего и ближнего зарубежья. Многочисленным студентам из светских вузов запомнились и студенческие научные форумы, организованные Минской духовной академией и семинарией. В 2002 году в академии был основан свой научный журнал — «Труды Минской духовной академии», который до настоящего времени выпускался один раз в год. Усилиями студентов и преподавателей Минской духовной академии и семинарии в 2000 году начал издаваться ежеквартальный студенческий журнал «Ступени», который до сих пор является общим журналом Минских духовных школ.
К моменту своего перевода в Минск, духовная академия выглядела вполне сложившимся духовно-образовательным учреждением, имеющим свои традиции, пополняющим ряды преподавателей своими выпускниками. Но жизнь не стоит на месте. Развитие академии как научно-богословского учреждения требовало осуществления изначальной задумки ее основателя о пребывании ее в столице нашей страны. В 2012 году Синод Белорусской Православной Церкви инициировал начало перевода духовной академии из Жирович в Минск, где к тому моменту завершалось строительство Духовно-образовательного центра Белорусской Православной Церкви. Процесс перевода, который продолжался два года, проходил под руководством ректора архиепископа Гурия. Одновременно, достаточно плавно и поступательно, проходило и реформирование духовного образования, которое существенно изменило облик Минской духовной академии. Формировался и новый профессорско-преподавательский состав, в который вошли лучшие представители как богословской, так и светской науки. Обновленная изнутри, Минская духовная академия переехала в построенный усилиями Белорусского государства новый комплекс Духовно-образовательного центра, в котором созданы превосходные условия для жизни, учебной и научной работы магистрантов и аспирантов. В истории нашей академии началась новая веха.