Тематически сборник разделяется на три части. В первой приведены документы, раскрывающие позицию Церкви в годы войны, а также письма, справки и иные материалы церковных иерархов, документы Центрального церковного управления, Управления делами Московской, Курской, Ленинградской и других епархий.
Вторая часть содержит документы, раскрывающие политику Советского государства в отношении Церкви в годы войны. Среди материалов много докладных записок, справок и отчетов органов власти в центре и на местах. Интерес для историков представляет публикация документов из архива ФСБ об обстоятельствах убийства в Прибалтике в 1943 году митрополита Сергия (Воскресенского), справки и доклады в высшие органы власти высокопоставленных сотрудников Совета по делам религий.
Третий раздел составили материалы, характеризующие политику германских властей в отношении религиозных учреждений в годы оккупации. Это оперативные приказы и донесения, отчеты оперативных групп о положении Церкви на оккупированных территориях, статьи на церковную тематику из подконтрольных немцам органов печати, доклады о положении Церкви на Украине и в Белоруссии с предложениями по организации религиозной политики рейха на этой территории. В книге также содержатся материалы о Псковской православной миссии.
Всего в сборник вошел 221 документ, объем издания достигает 800 страниц. Текст предваряет историческое введение, составленное профессором Ольгой Васильевой и священником Ильей Соловьевым.