Материал в журнале распределен по постоянным разделам: "Библеистика", "Богословие","История Киево-Могилянской Академии", "История Киевской духовной академии", "Философия", "История Церкви", "Православие и инославие", "Духовное образование", "Педагогика", "Церковь и общество", "Библиография".
В отдельной рубрике 13-го номера "Трудов КДА", посвященной 75-летию Предстоятеля УПЦ Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины Владимира, опубликованы: приветственный адрес ректора и профессорско-преподавательской корпорации Киевских духовных школ в адрес Его Блаженства и актовая речь секретаря Ученого Совета КДА прот. Владимира Коцабы на традиционном праздничном собрании Киевских духовных школ в день памяти прп. Нестора Летописца 9 ноября 2010 года.
Вне рубрик помещен доклад Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины Владимира, зачитанный на II Международной научно-практической конференции "Духовное и светское образование: история взаимоотношений - современность - перспективы", и доклад Председателя Учебного Комитета и Богословско-канонической комиссии при Священном Синоде УПЦ, ректора КДАиС архиепископа Бориспольского Антония на заседании Учебного Комитета, состоявшегося 17 сентября 2010 года в Киевских духовных школах.
Основную часть номера составляют доклады, представленные на конференции, прошедшей в стенах КДА 18-9 октября 2010 года.
Кроме того, по случаю 150-летия издания "Труды КДА", в номере опубликован подготовленный методическим кабинетом Киевской духовной академии, систематический каталог статей, напечатанных в "Трудах КДА" в 1915-1917 гг.