Из Витебской семинарии. 18-й магистрант LIII курса (1894-1898).

В 1899 году назначен в Волынскую семинарию преподавателем истории и обличения русского раскола и сравнительного богословия. Здесь он прослужил 24 года до самого закрытия семинарии. Имел степень кандидата богословия.

В 1917-1918 член Священного Собора Российской Православной Церкви.

 В 1922 году был экспертом по делу свмч. Аркадия (Остальского) и свидетелем по делу епископа Аверкия (Кедрова).

По документам принял сан священника в ноябре 1922.

Написал книгу о разнице между Православной Церковью и обновленчеством.

Умер в ссылке в городе Каргополе, Архангельской области.

Архиепископ Аверкий (Кедров) писал в 1937 из Бирской ссылки: «Вчера получил письмо с известием о смерти Малахова Василия Яковлевича, бывшего сослуживца по Семинарии, а затем и у Престола Божия. Умер в Каргополе - было что-то подобное тифу».

В 2005 канонизирован.