«Одним из важных дел, оставленных нам в наследство Святейшим Патриархом Алексием, является поощрение Макарьевской премией лучших ученых России. Возродив эту дореволюционную награду, он положил традицию выявления и награждения талантливых людей, занимающихся отечественной наукой. И после кончины Предстоятеля Церкви, продолжая эту традицию, мы будем воздавать должное его памяти», - отметил отец Владимир. Вместе с грамотами он вручил деятелям науки книгу «Преемство» и красочный календарь на 2009 года, посвященные предстоящему 200-летию Санкт-Петербургских духовных школ.
Макарьевская премия существовала более ста лет вплоть до 1917 года. Ее «прародителем» называют выдающегося богослова, историка, члена Российской Императорской академии наук, автора многотомной «Истории русской Церкви» митрополита Московского и Коломенского Макария (1816-2882). Он положил начало диалогу Церкви с ученым сообществом. Император Александру II удовлетворил его прошение «О ежегодных премиях для поощрения отечественных талантов, посвящающих себя делу науки и общеполезных занятий».
Премия была возрождена в 1995 году по инициативе Патриарха Алексия II, президента РАН Юрия Осипова и мэра Москвы Юрия Лужкова. Она присуждается видным ученым-историкам. Изначально было две номинации - за научные труды по истории Православной Церкви и истории России. Позже появились награды за исследования истории православных стран и народов и другие номинации, в том числе для поощрения начинающих ученых.