В 1971 г. турецкое правительство закрыло семинарию, ссылаясь на национальную конституцию от 1961 г., которая определяет, что «только турецким Вооруженным силам и полиции разрешатся открыть частные колледжи».
Парадоксальным образом несмотря на возвращение земельной собственности, сама семинария по-прежнему остается закрытой.
Константинопольская Патриархия на протяжении многих лет ведет борьбу за возобновление деятельности семинарии, в которой в общей сложности получили духовное образование почти 1 000 священников Константинопольского Патриархата в период между 1844 и 1971 гг., когда семинария была открыта. В их числе — нынешний Предстоятель Константинопольской Православной Церкви Патриарх Варфоломей I.
Халкинская семинария (или иначе — богословская школа) была основана в 1844 г. по инициативе Патриарха Константинопольского Германа IV при материальном содействии бывшего Константинопольского Патриарха Константия I на территории монастыря Святой Троицы. В целях поддержки на содержание школы 2 тыс. рублей (золотом) было перечислено Святейшим Синодом Русской Православной Церкви.
После того, как в 1894 г. землетрясением были разрушены все здания Троицкого монастыря и семинарии (за исключением церкви), школа была восстановлена по проекту архитектора Периклиса Фотиадиса. Святейший Синод Русской Церкви вновь пожертвовал 3 тыс. рублей золотом на возобновление школы и впоследствии неоднократно помогал ей материально. Семинария была вновь открыта в 1896 г.
Семинария известна своей гигантской библиотекой, которая насчитывает более 120 тыс. томов.