Во второй лекции автор курса затронул три проблемы, требующие богословского исследования и этической оценки:

• проблему искусственных абортов по медицинским показаниям;
• проблему гемотерапии;
• проблему генномодифицированных продуктов.

При этом Александр Сергеевич Соболев намеренно дистанцировался от богословских заключений, представляя лишь научные результаты исследований.

Первая проблема заключается в том, что некоторые генетические заболевания и дефекты приводят  практически в  ста процентов случаев к смерти детей либо в утробе матери (так называемые спонтанные аборты), либо в младенческом возрасте, причем роды часто сопровождаются кесаревым сечением, а рожденные младенцы испытывают страдания. Сегодня наука способна с достаточно высокой степенью вероятности, при помощи пренатальной (дородовой) диагностики, предполагать, что жизнь человека, имеющего те или иные генетические дефекты в зачаточном состоянии, протечет в невыносимых мучениях.

Отсюда вытекает богословская проблема нравственной оценки искусственных абортов по медицинским показаниям. Законодательство РФ разрешает искусственные аборты на любом сроке беременности. Пренатальная диагностика может считаться нравственно оправданной, если она нацелена на лечение выявленных недугов на возможно ранних стадиях, а также на подготовку родителей к особому попечению о больном ребенке. Однако на практике пренатальная диагностика, по сути, делается с целью предоставления матери возможность выбора, будет она рожать или нет.

Следующая проблема —  проблема генотерапии. В целом отношение Церкви к генотерапии положительное. Однако есть направление генотерапии, пытающееся использовать эмбриональные стволовые клетки. Это еще одна этическая проблема, требующая нравственной оценки.

Наконец, была рассмотрена проблема генномодифицированных продуктов. Трансгенез как таковой не является человеческим изобретением, он имеет место и в природе. По мнению профессора, на данный момент есть две причины дискуссий вокруг генномодифицированных продуктов: