Органы госбезопасности осуществляли негласный контроль за внутренней жизнью религиозных объединений. Пресвитер кемеровской общины евангельских христиан-баптистов Кирпиченков приводит слова одного из работников органов, который допрашивал его: «За вами следят и знают даже, когда вы ложитесь спать и когда встаёте». Собирались статистические данные о численности религиозных объединений. Региональные подразделения госбезопасности были более информированы и имели точные сведения о религиозных объединениях, нежели центральные советские органы. Уполномоченные Советов по делам РПЦ и религиозных культов находились в тесном сотрудничестве с представителями органов госбезопасности. Свои контакты с ними уполномоченные скрывали или камуфлировали имена агентов. Органы ГБ фактически полностью контролировали кадровую религиозную политику. Особенно это касалось РПЦ. Любое повышение в сане, назначение на новое место архиерея или священника проходило с санкции соответствующего подразделения КГБ.
Наиболее болезненным для РПЦ и других конфессий является вопрос об информаторах в агентуре спецслужб и уполномоченных среди верующих и духовенства. Следует признать присутствие осведомителей и агентов внутри религиозных организаций. Об этом свидетельствуют отчёты уполномоченных. Проблема негласного сотрудничества РПЦ с тайной полицией не нова. Преобразования Петра I привели к созданию такой модели церковно-государственных отношений, при которой имело место прямое нарушение канонов Церкви: священнику дозволялось нарушать тайну исповеди, если стало известно намерение провести бунт, покушение на царя или членов правительства. Позднее появились исповедные ведомости, куда вносились имена тех, кто не причащался и не исповедовался продолжительное время (год и более). В 1940-м же году НКВД в Сибири, где Церковь, как институт, была фактически уничтожена, поставило следующие задачи: обеспечить агентурой все бывшие (существующие ранее легально) церковные общины, взять на оперативный учёт и разработку весь бывший церковный актив, активизировать работу агентуры из числа церковных авторитетов – бывших попов, в необходимых случаях пополняя эту агентуру за счёт новых вербовок.
Тем не менее было бы ошибочно утверждать, что фактически все представители РПЦ являлись агентами или штатными сотрудниками спецслужб.
Одна из основных функций органов госбезопасности по отношению к РПЦ и других конфессиям определялась в документах спецслужб как «профилактическая и разложенческая работа среди церковников и сектантов». Это выражалось в проведении акций, направленных на ослабление и ликвидацию наиболее активных религиозных объединений, на ограничение деятельности духовенства и активистов. Одним из главных направлений «профилактической работы» являлась дискредитация и компрометация руководителей религиозных общин. Спецслужбы в большинстве случаев предпочитали добиваться своих целей чужими руками, используя различные ширмы – государственные и общественные структуры.
Органы КГБ активно участвовали в пропагандистской антирелигиозной деятельности среди населения. Основными методами были выступления с лекциями в аудиториях, в печати, по радио и телевидению. Как правило, офицеры органов перед аудиторией представлялись работниками пропагандистских, образовательных учреждений. В большинстве случаев кампания по дискредитации священнослужителей заканчивалась нужными для органов результатами. После широкой огласки служитель, не имея возможности восстановить свой авторитет среди верующих, либо прекращал свою деятельность и увольнялся за штат, переводился в другой приход, либо переходил в иную епархию. Имели место случаи лишения сана и даже самоубийства.
В то же время, в силу корпоративных интересов, а также известной конкуренции между силовыми структурами и иными ведомствами, аппарат госбезопасности иногда преувеличивал эффективность собственных предотвращений какой-либо акции духовенства. Не все религиозные объединения попадали в поле зрения органов ГБ. Иеговисты, пятидесятники, «инициативники» и другие «маргинальные» организации на протяжении более чем двух десятков лет нередко располагали возможностью безнаказанно проводить съезды, массовые демонстрации, хоровые спевки, печатать и распространять духовную литературу. Зачастую спецслужбы были вынуждены только констатировать факты незаконных действий религиозных групп. Это позволяет говорить о существовании определённых проблем в системе КГБ, курирующей религиозные организации.
Представители религиозных общин иногда открыто указывали на вмешательство спецслужб в их деятельность. Таким образом, можно констатировать, что в проведении общей государственной политики в отношении религиозных объединений спецслужбам в СССР отводилась роль не менее значимая, чем официально действовавшим государственным институтам, курировавшим Церковь.