Через некоторое время после провозглашения независимости Федерация греческих православных общин Австралии стала искать возможности воссоединения с Константинопольским Патриархатом на правах широкой автономии, однако переговоры с Константинопольским Патриархом Варфоломеем и Австралийским архиепископом Стилианом не дали результата. Тогда в 2010 г. Федерация греческих православных общин Австралии была принята в состав раскольнического старостильного Синода во главе с архиепископом Авксентием (Мартинесом) (т.н. Истинно-Православная Церковь Греции или «Авксентиевский Синод»).
Однако вступление в подчинение раскольникам вызвало споры внутри Федерации, и некоторые приходы продолжили переговоры о возвращении в лоно канонической Церкви. В итоге 2 июня председатель Федерации греческих православных общин Австралии Феофил Мара заявил, что Федерация приостанавливает свои отношения со старостильниками и вновь возвращается к автокефальному существованию.
По словам Ф. Мары Федерация пока не рассматривает возможность возобновления переговоров с канонической Церковью о своем присоединении. Исключение составляет приход Федерации в Сиднее, который в исключительном порядке начал такие переговоры еще в январе этого года.