Иоганн Бугенхаген после изучения богословско-гуманитарных наук в Грейсвальде и преподавания в Трептове серьезно увлекся сочинениями и идеями Мартина Лютера и переехал в Виттенберг. В 1523 году он был назначен здесь священником городской церкви, а через год стал профессором Виттенбергского университета.

Будучи последователем идей Лютера, его верным соратником и другом, он перевел литературный текст его Библии на простонародный немецкий язык для Нижней Саксонии. Однако главная заслуга Бугенхагена заключается в реформации и установлении нового церковного порядка в ряде крупных немецких городов: Гамбурге, Любеке, Бремене, Геттингене и др. Проведя позже реформацию и в Померании, он в 1537 г. отправился с той же целью в Данию, где трудился над восстановлением университета в Копенгагене, став в нем преподавателем богословия и ректором. С 1539 года Бугенхаген вводил реформацию в Саксонии, Шлезвиг-Гольштейне и Брауншвейге.

В последние годы жизни, оставаясь на своем служебном посту в Виттенберге, Иоганн Бугенхаген еще более сблизился с Мартином Лютером. После его смерти в 1546 году именно он произнес надгробную проповедь на похоронах Лютера.

Память Иоганна Бугехагена увековечена в Германии в названиях нескольких церквей, ему поставлены в разных городах памятники, его имя упоминается в Виттенберге на мемориальных досках, кроме того, в стране имеются школы и гимназии, носящие имя Бугенхагена.