Издательство было основано в 1992 году О.Л. Абышко и И.А. Савкиным, выпускниками философского факультета Санкт-Петербургского государственного университета.
Первоначально существовало в форме редакционно-издательской группы, с марта 1993 года стало самостоятельным издательским предприятием. В самом начале развития издательству оказал помощь Русский христианский гуманитарный институт, который предоставил «Алетейе» место для хранения тиражей, позднее он стал курировать отдел религиозно-философской литературы.
Среди первых книг, выпущенных издательством, были работы Ивана Ильина, Льва Карсавина, Алексея Лосева и митрополита Иллариона.
Несколько книг издано в сотрудничестве с Петербургской классической гимназией, несколько единиц были созданы в кооперации с Государственным Эрмитажем. Было налажено сотрудничество с кафедрой классической филологии филологического факультета Санкт-Петербургского государственного университета.
На рубеже тысячелетий наиболее успешными стали популярные в среде гуманитарной интеллигенции издательские серии «Античная библиотека» (1993—2010) и «Византийская библиотека» (1996—2016). Однако если обе они, по большей части, состояли в основном из переизданий старых публикаций, то, к примеру, в появившейся в начале 2000-х годов новой серии «Pax Britannica» впервые увидели свет комментированные русские переводы древнеанглийских историков Гильды Премудрого и Беды Достопочтенного, а также несколько научных трудов по истории средневековой Англии.
Начиная с 2017 года Издательством выпускаются серии «Новая античная библиотека» и «Новая византийская библиотека», состоящие из изданий в мягких обложках вместо твёрдых и включающие как переиздания публикаций 1990-х и начала 2000-х годов, так и ряд новинок.
