Новосибирская православная духовная семинария

История появления Новосибирской православной духовной семинарии тесно связана с Новосибирским Свято-Макарьевским православного богословским институтом (НСМПБИ), существовавшим в 1995–2019 годах. В 2007 году в Институте было открыто дневное отделение пастырского факультета с обучением по программе духовной семинарии.

Определением Священного синода Русской Православной Церкви от 27 мая 2009 года дневное отделение пастырского факультета НСМПБИ преобразовано в Новосибирскую православную духовную семинарию. В том же году при семинарии открыт сектор заочного обучения. Семинария размесилась в бывшем доме офицеров.

5 июля 2010 года на совместном заседании Ученого совета НПДС и НСМПБИ принято решение о структурном и организационном единстве духовных учебных заведений Новосибирской епархии под руководством общего ректора. Кроме этого, согласно рекомендациям Учебного комитета Русской Православной Церкви в НПДС начат переход на четырехгодичную программу обучения (бакалавриат) с перспективой открытия магистратуры, а также организован подготовительный курс семинарии.

В октябре 2010 года регентское и иконописное отделения НСМПБИ объединены в факультет церковных искусств.

Летом 2012 года состоялся первый выпуск семинарии. 

9 июля 2019 года решением Священного Синода Русской православной церкви НСМПБИ был упразднен, а дальнейшее обучение студентов решено осуществлять по программе подготовки церковных специалистов на базе Новосибирской духовной семинарии.

26 августа 2020 года Учебный комитет Русской православной церкви, проведя общественную аккредитацию программ бакалавриата по направлению 48.03.01 Теология, признал уровень деятельности семинарии соответствующим критериям и требованиям, предъявляемым к духовным образовательным организациям высшего образования.

12 октября 2022 года приказом Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки Новосибирская духовная семинария получила приложение к лицензии на образовательную деятельность, позволяющее реализовывать программы дополнительного профессионального образования — программы повышения квалификации и переподготовки.