Синодальная библиотека появилась в Москве в XVI веке (до 1721 года называлась Патриаршей). Была уникальным хранилищем церковных и светских книг (в некоторые периоды сюда поступали обязательные экземпляры всех православных книг, государственных указов и др.), в т.ч. — древнейших (в библиотеке хранился «Изборник» Святослава (1073), Кормчая книга (1282) и др.). По мнению Карамзина, основанием её послужила митрополичья библиотека, составившаяся из книг, привозившихся митрополитами-греками и др. лицами с православного Востока. Наиболее крупные и ценные приобретения были сделаны в период Патриаршества. При Патриархе Филарете библиотека включала свыше 500 печатных и рукописных книг, греческих и славянских. При Патриархе Иоасафе I вытребованы были книги из Кирилло-Белозерского и Троицкого монастырей. Более всего вложил в библиотеку Патриарх Никон, в 1652 г. привезший из Новгорода большое количество греческих и латинских книг. Приступая к исправлению церковных книг, Никон усиленно собирал в Патриаршую библиотеку нужные ему древние книги и рукописи. Так, келарем Троицкого монастыря А. Сухановым только с Афона было привезено 498 книг и около 200 рукописей. Сюда же поступили: часть книг и рукописей Иверского подворья и Воскресенского монастыря, собрание митр. Сарского и Подонского Павла (1675), собр. Епифания Славинецкого (1676). В 1686 г. поступили 219 греческих печатных книг иеромонаха Тимофея; в 1685-94 гг. – рукописи от иерусалимского Патриарха и из Посольского приказа; в 1700 г. – книги и рукописи Сильвестра Медведева и келейная библиотека Патриарха Иоакима; в 1705 г. – книги и рукописи монаха Евфимия; в 1709 г. – библиотека Димитрия епископа Ростовского (греческие, латинские, польские и славянские рукописи и книги). В дальнейшем библиотека пополнилась трудами Арсения Сатановского, Епифания Славинецкого, Лихудов, К. Истомина и др. Весь XVII век около Патриаршего книгохранилища сосредоточивалась литературная деятельность того времени.