Российский государственный исторический архив Дальнего Востока создавался в годы Великой Отечественной войны. Учитывая исключительную ценность дальневосточных архивов, хранящих документы республиканского значения, и сложную международную обстановку на Дальнем Востоке, правительство приняло решение об их эвакуации в безопасное место. Первоначально документы были вывезены в Минусинск, но из-за отсутствия там помещений для их размещения, документы были перенаправлены в Томск. Постановлением Совета народных комиссаров СССР от 2 августа 1943 г. в г. Томске на базе эвакуированных дальневосточных архивов был образован Центральный государственный архив РСФСР Дальнего Востока (ЦГА РСФСР ДВ).

Географическая отдаленность архива от региона препятствовала развитию исторических и краеведческих исследований на Дальнем Востоке, что периодически порождало инициативы по возвращению документов в регион. 13 февраля 1991 г. Совет Министров РСФСР принял постановление № 96 «О переводе Центрального государственного архива РСФСР Дальнего Востока из г. Томска в г. Владивосток».

В 1992 г. началось перемещение архива из Томска во Владивосток. В том же году ЦГА РСФСР ДВ был преобразован в Российский государственный исторический архив Дальнего Востока. К 1 января 2006 г. перевозка документов была завершена, однако из-за отсутствия площадей большая часть фондов находится в складированном состоянии. Тем не менее, коллектив архива приложил максимум усилий и для введения в научный оборот наиболее емких в информационном отношении фондов.

В 1994 г. архив открыл свои двери для исследователей. За последующие годы читальный зал архива посетило около 2,5 тыс. исследователей, которым выдано свыше 170 тыс. ед. хр., исполнено около 5 тыс. тематических запросов и запросов социально-правового характера.

С 1995 г. РГИА ДВ является базовым архивным учреждением в Дальневосточном федеральном округе, ежегодно проводит заседания научно-методического совета архивных учреждений Дальнего Востока, совещаний-семинаров, конференций, привлекает к сотрудничеству большинство архивов краев и областей, а также муниципальных образований.

В настоящее время архив является федеральным научно-методическим и информационным центром по работе с документами по истории Дальнего Востока.