Деятельность Государственного архива в Хакасии началась с 1927 года, когда в штатное расписание Хакасского окружного исполнительного комитета была включена должность архивариуса. 1 октября 1927 года Хакасским окружным исполнительным комитетом образовано Хакасское окружное архивное бюро. С декабря 1935 года образовано Областное архивное управление.

В 1941 году были изданы постановление Совета народных комиссаров СССР «О Государственном архивном фонде и сети Государственных архивов СССР» и циркуляр «О порядке реорганизации республиканских, краевых и областных архивов». Этими документами Архивный отдел НКВД преобразован в Хакасский областной государственный архив НКВД (с 1946 года - МВД) и утверждена сеть государственных архивов области. В I960 году с упразднением МВД СССР архивы переданы в ведение Совета Министров СССР.

Решением Хакасского республиканского исполнительного комитета от 10 октября 1991 года № 348 партийный архив, подведомственный с 1939 года Хакасскому областному комитету КПСС, получил статус филиала Хакасского республиканского государственного архива.

Постановлением Совета Министров Республики Хакасия от 25 марта 1992 года № 51 Государственный архив Хакасской автономной области преобразован в Центральный государственный архив Республики Хакасия.

В соответствии с распоряжением Председателя Правительства Республики Хакасия от 10 февраля 2005 года № 56/рп-к «О структурах исполнительных органов Государственной власти Республики Хакасия» Центральный государственный архив Республики Хакасия преобразован в Государственный архив Республики Хакасия и включен в состав Комитета по делам архивов при Правительстве Республики Хакасия.

В связи с передачей полномочий по архивному делу Министерству культуры Республики Хакасия, постановлением Правительства Республики Хакасия от 17 апреля 2009 года № 116 создано Государственное учреждение Республики Хакасия «Национальный архив Республики Хакасия», которое постановлением Правительства Республики Хакасия от 11 апреля 2011 года №177 преобразовано в Государственное казенное учреждение Республики Хакасия "Национальный архив".