11 августа 1919 года комиссией Главного архива РСФСР было принято решение о создании Уфимского отделения ГлавАрхива РСФСР — Уфимского губернского архива.

В 1920 году в Стерлитамаке был создан Архив Башкирской АССР.

В августе 1922 года, в связи с образованием Большой Башкирии, Уфимское отделение Главархива и Управление архивным делом БАССР были объединены в Центральный архив Башкирской АССР при Башкирском ЦИКе.

В 1939 году был переименован в Центральный государственный архив Башкирской АССР и был переведен в подчинение НКВД БАССР.

В годы Великой Отечественной войны в архиве Башкирской АССР размещались эвакуированные архивы СНК СССР, Наркомата авиационной промышленности СССР, Наркомнефнефти СССР, Наркомместпрома РСФСР, Кировоградского облисполкома, учреждений и предприятий Калининской, Воронежской, Курской, Орловской областей.

В 1960 году архив перешел в ведение Совета Министров БАССР.

22 ноября 1991 года в соответствии с постановлением Совета Министров Башкирской ССР был преобразован в Центральный государственный исторический архив.