В результате Зимней войны 1939-1940 гг. Карельский перешеек, в том числе и Выборг, отошли к СССР, территория Выборгского района была включена в состав Карело-Финской ССР. Здание архива практически не пострадало во время военных действий.
15 июля 1940 года Постановлением № 11 СНК КФ ССР в г. Выборге в здании бывшего Выборгского провинциального архива был организован филиал ЦГА КФ ССР. Первым советским директором архива стал А.Е. Соловьев.
С началом Великой Отечественной войны, в июле-августе 1941 г. документы и сотрудники архива были эвакуированы в г. Кострому, где архив размещался на территории Ипатьевского монастыря. В тяжелых условиях тыла продолжалась работа по переводу архивных документов и их систематизации, более того в мае 1944 года Выборгский архив даже сумел внести 570 рублей в фонд обороны страны.
После освобождения в 1944 году г. Выборг был включен в состав Ленинградской области. В сентябре 1945 года архив (общий вес архивных документов составлял 350 тонн) возвратился из эвакуации и вновь занял прежнее здание на Смоляном мысу. В период 1945-1958 гг. архивисты провели огромную работу по приведению в порядок документальной россыпи, в результате которой было сформировано и описано более 150 тыс. дел.
В декабре 1945 года зарегистрирован Выборгский государственный исторический архив Управления НКВД по Ленинградской области.
13 декабря 1951 года архив преобразован в Государственный архив Ленинградской области в г. Выборге.
В 1953 г. в архив поступил значительный объем документов из расформированного филиала в г. Луге. С 1958 г. архив стал комплектоваться документами ведомственных архивов.
В январе 1964 г. архив в г. Выборге стал Филиалом Ленинградского Государственного архива Октябрьской революции и социалистического строительства. В этот период в архив поступали фонды учреждений и организаций Ленинграда.
В сентябре 1969 года архиву вновь было возвращено название Государственный архив Ленинградской области в городе Выборге для «концентрации в нём документальных материалов предприятий, организаций, учреждений, совхозов и колхозов области».
В 2007-2008 годах производится обмен документами с Центральным государственным архивом Санкт-Петербурга: передаются документы городских учреждений и организаций и принимаются документы областных предприятий и организаций.
С вводом в строй в 2012 году архивохранилища на ул. Данилова в г. Выборге расширились возможности для комплектования архива. Ежегодно прием документов составляет 20-30 тыс. единиц хранения. Поступают документы от комитетов и управлений Администрации Ленинградской области, от организаций – источников комплектования, а также ликвидированных организаций.
В настоящее время в Ленинградском областном государственном архиве в г. Выборге насчитывается более 3320 фондов, содержащих свыше 1 299 тыс. дел за период с конца XVII века по настоящее время, в том числе более 1 060 тыс. дел – документы по истории Ленинградской области с момента ее образования до наших дней.
Научно-справочная библиотека архива включает более 35 тысяч томов книг по истории, географии и экономике, газеты и журналы.
В настоящее время Ленинградский областной государственный архив в г. Выборге – это не только сосредоточение документов по истории Ленинградской области, но и также высококвалифицированные специалисты в области архивного дела, которые бережно хранят документальное богатство, изучают его и делятся своими открытиями с жителями области и всей России.