В конце ХIX в. с целью составления местных губернских исторических архивов, упорядочения архивного дела в крупных губернских городах России создаются ученые архивные комиссии. Единственным архивным учреждением, занимавшимся собиранием, формированием и сохранением ведомственных архивов в регионе, становится Иркутская губернская ученая архивная комиссия, которой были подведомственны все местные архивы Прибайкалья.

В мае 1923 г. был создан первый уполномоченный орган в области архивного дела – Архивное бюро Прибайкальской губернии, которое приступило к работе по обследованию, изучению и сбору архивных документов. В связи с административно-территориальными преобразованиями Прибайкальское губернское архивное бюро было преобразовано в Архивное бюро БМАССР при Управлении Делами Бурревкома.

В 1924 г. Архивное бюро было переименовано в Центральное архивное управление БМАССР. В 1931 г. было выделено специально оборудованное архивохранилище площадью 500 кв. м в цокольном этаже Дома Советов, которым Национальный архив республики пользуется до настоящего времени. В архивохранилище были размещены особо ценные фонды, как фонды высших и местных органов государственной власти, БурЦИКа, Совнаркома, ревкомов, исполкомов, народных комиссариатов и др. К 1936 г. в архиве насчитывался уже 631 фонд, в том числе 22 фонда военных учреждений, с общим количеством 162610 ед. хр.

В 1980 г. Архивный отдел был преобразован в Архивное управление при Совете Министров Бурятской АССР. В 1988 г. были образованы архивные отделы при исполнительных комитетах районных Советов народных депутатов с передачей им функций районных архивов.

В целях совершенствования хранения, комплектования, учета и использования документов постановлением Правительства Республики Бурятия от 29 ноября 2007 г. № 379 с 1 января 2008 г. было создано государственное учреждение «Национальный архив Республики Бурятия».

Постановлением Правительства Республики Бурятия от 17 ноября2011 г. № 594 государственное учреждение «Национальный архив Республики Бурятия» было переименовано в государственное бюджетное учреждение «Государственный архив Республики Бурятия».