С 1 октября 1925 г., в связи с ликвидацией губернии и образованием округов, Енисейское губернское архивное бюро было преобразовано в Красноярское окружное архивное бюро. Административно-территориальные преобразования повлекли за собой дальнейшую реорганизацию архивного дела: в 1930 году на смену архивному бюро пришло Красноярское городское архивное бюро, а позднее – Красноярское отделение Восточно-Сибирского краевого архивного управления (Востсибкрайархива).
7 декабря 1934 года был образован Красноярский край. В это же время утверждено постановление ВЦИК и СНК РСФСР об организации районных архивов. Постановлением оргкомитета ВЦИК Красноярского края Красноярское отделение Востсибкрайархива с 1 января 1935 года преобразовано в Красноярское краевое архивное управление.
Во время Великой Отечественной войны сотрудники государственного архива и его филиалов решали еще одну тяжелейшую задачу: прием, размещение, учет и обеспечение сохранности архивных фондов эвакуированных предприятий и учреждений. За период войны государственным архивом края и его филиалами было принято от учреждений, предприятий, райархивов 82 фонда с общим количеством единиц хранения – 29645.
В 1982 году решением крайисполкома утверждена сеть государственных архивов Красноярского края с постоянным составом документов. Крупнейший из них – Государственный архив Красноярского края и его филиалы в Ачинске, Енисейске, Канске, Минусинске.
В 2000 году Государственный архив Красноярского края вошел в структуру комитета по делам архивов администрации края на правах отдела.