Великая Отечественная война внесла коррективы в работу архивных учреждений. Учитывая исключительную ценность и важность дальневосточных архивов и сложную международную обстановку на Дальнем Востоке, правительство приняло решение об их эвакуации в Сибирь. В чрезвычайно трудных условиях войны из госархива Хабаровского края было эвакуировано 933 фонда, 72 214 единиц хранения.
В гг. Николаевске-на-Амуре и Комсомольске-на-Амуре были образованы филиалы государственного архива Хабаровского края, в дальнейшем реорганизованные в самостоятельные архивные учреждения.
В 1970-1980 годы архивисты активизировали работу по созданию научно-справочного аппарата, страхового фонда, организовывали передвижные выставки, архивные документы публиковались на страницах периодической печати.
В 2015 году в состав госархива вошел архив документов по личному составу органов государственной власти Хабаровского края.
В архиве хранятся документы, которые содержат разнообразные сведения о деятельности местных органов государственного управления, органов полиции и жандармерии, военных учреждений, войсковых частей, казачьих соединений, состоянии лесного хозяйства, путей сообщения Дальнего Востока, отражают историю изыскательских работ в районе Амурского бассейна, содержат статистические данные о перевозке грузов по Амурской железной дороге, сведения о деятельности Приамурского отдела Русского географического общества, именной список политических ссыльных, сосланных на каторжные работы на Иркутский солеваренный завод, переписные листы Первой всеобщей переписи населения 1895 года по Приморской области Южно-Уссурийского округа, метрические книги церквей, соборов, миссий, действовавших на территории Дальнего Востока.
