В Государственном архиве Амурской области хранится 3242 фонда, в том числе 1067 партийных фондов, 59 исторических, 2112 фондов периода после 1917 г., а также архивные коллекции кино-, фото-, фоно, видеодокументов.

Архивные фонды представлены документами за период с 1858 г. общим объемом 729734 единицы хранения, включая управленческую и научно-техническую документацию, документы личного происхождения, документы по личному составу, аудиовизуальные документы.

Документы архива содержат разнообразные сведения о переселении и наделении землей крестьян, переселявшихся из центральных губерний в Амурскую область, о деятельности местных органов государственного управления, органов юстиции, полиции и жандармерии, военных учреждений, войскового правления Амурского казачьего войска, пограничного комиссара Амурской области. В документах имеются сведения о развитии золотой промышленности, об открытии водных путей Амурского бассейна и о грузопассажирском движении на реках Амурского бассейна, о строительстве Амурской железной дороги, о деятельности врачебных учреждений Амурской области, Амурского опытного поля, Амурского отделения общества изучения Сибири и улучшения её быта, Благовещенского городского музея, статистические сведения о стоимости хлеба и фуража, строительных материалов, переписные листы Первой всеобщей переписи населения Российской империи, метрические книги церквей Амурской области о рождении, бракосочетании и смерти, клировые ведомости Градо-Благовещенского кафедрального собора и церквей Амурской области, сведения о строительстве храмов.