Первое упоминание об архивных документах, сформированных на Алтае, относится к 14 ноября 1747 года, когда генерал-майор Андрей Венедиктович Беэр, первый начальник Колывано-Воскресенских заводов и руководитель Канцелярии, дал указание о «надлежащем» хранении документов и приказал составить их первую опись.

В XIX–XX веках архивы формировались при каждом ведомственном и государственном учреждении. На Алтае наиболее крупные архивы существовали при управлении Алтайского округа (Горный архив), управлении землеустройства, Барнаульском городском суде, Барнаульской городской Думе и др. Архивные фонды этих учреждений, сформировавшиеся до 1917 года, составили основную и наиболее ценную часть документов Архивного фонда края. В советское время организация архивов как государственных учреждений началась на Алтае после завершения гражданской войны. 16 апреля 1920 года был создан первый орган управления архивным делом в крае – Алтайское губернское управление архивным делом. В связи с изменением административно-территориального деления происходила реорганизация органа управления и изменение названия: Алтайское губернское архивное бюро (1923), Барнаульское окружное архивное бюро (1925), Барнаульское окружное отделение Западно-Сибирского краевого архивного бюро (1931), Барнаульское отделение Западно-Сибирского краевого архивного управления (1932), Алтайское краевое архивное управление (1937). В 1937 году при управлении были созданы Алтайский краевой исторический архив и Алтайский краевой архив Октябрьской революции, которые в 1941 году были объединены в государственный архив Алтайского края.

В соответствии с Указом Президента РФ от 24 августа 1991 года «О партийных архивах» фонды партийного архива вошли в состав фондов государственного архива Алтайского края, а также переданы помещение и штат сотрудников.

В целях совершенствования архивного дела и создания единого центра ретроспективной информации краевые архивы и комитет администрации края по делам архивов постановлением администрации Алтайского края от 05.02.1996 г. № 59 были объединены в единое управление. Государственный архив Алтайского края этим же постановлением преобразован в центр хранения Архивного фонда Алтайского края и введен в состав управления архивного дела администрации Алтайского края как структурное подразделение.

В 2009 году в связи с реорганизацией органов исполнительной власти Алтайского края в сфере культуры и архивного дела управление архивного дела на основании постановления Администрации Алтайского края от 26.10.2009 № 443 было присоединено к управлению Алтайского края по культуре, а постановлением от 26.10.2009 № 444 создано краевое государственное учреждение «Государственный архив Алтайского края». На основании постановления Администрации Алтайского края от 30.11.2010 № 532 «Об утверждении перечня краевых казенных учреждений, создаваемых путем изменения типа действующих бюджетных учреждений» краевое государственное учреждение «Государственный архив Алтайского края» преобразовано в краевое государственное казенное учреждение «Государственный архив Алтайского края» (КГКУ ГААК).

В составе фондов КГБУ ГААК содержатся документы, сформировавшиеся в деятельности органов государственной власти и управления дореволюционного, советского и постсоветского периодов, органов местного самоуправления, административных органов, учреждений, организаций и предприятий различных отраслей промышленности, народного образования, здравоохранения, науки, культуры, общественных организаций и партийных структур. Хронологические рамки документов охватывают период более двух веков – с 1744 по 2022 г.