История академической библиотеки является неотъемлемой частью истории Московской духовной академии, в прошлом величественно именовавшейся Славяно-греко-латинской.

Первыми организаторами академической библиотеки, начиная со времени основания академии в 1685 году, стали братья Лихуды, которые привезли с собой в Москву свою собственную библиотеку, состоявшую в основном из греческих и латинских книг и лекций, которые они записали во время обучения в Греции (Кефалонии) и Италии (Падуе).

Как известно, в течение 1685-1686 годов в состав академии была интегрирована Типографская школа и часть ее библиотеки, собиравшейся стараниями основателя школы иером. Тимофея с 1681 по 1685 год. За эти пять лет для Типографской школы было приобретено 102 наименования книг (в 487 экземплярах), из числа которых 48 наименований (219 экземпляров) в 1686 году в связи с упразднением высшего отделения Школы (учеников I статьи) были в дальнейшем переданы в Патриаршую домовую казну. Из сопоставления полного списка книг и списка изъятых книг, которые были опубликованы Б. Л. Фонкичем, можно до некоторой степени представить состав оставшихся книг, поступивших в академию, которые первоначально предназначались для учеников славянского отделения и начального класса греческого отделения Школы: Часословцы, учебные Псалтири, Азбуки и пр. Хотя данные книги особой научно-богословской или культурной ценности для процесса высшего богословского образования не представляли, так или иначе именно они стали отправной точкой для библиотеки Славяно-греко-латинской академии.

Царь Феодор Алексеевич обещал предоставить академии, первоначально располагавшейся в Заиконоспасском монастыре, для обеспечения ее учебными пособиями «царскую библиотеку», которая, однако, по предположению историка академии протоиерея С. Смирнова, «осталась недоступною для учеников Лихудов». Тем не менее, в Заиконоспасском монастыре собралась достаточно обширная библиотека, включавшая сочинения многих отцов и учителей Церкви. В 1689 году после ареста Сильвестра Медведева собранная им вместе с Симеоном Полоцким библиотека была передана в академию.

В описи вещей Медведева и книг библиотеки Заиконоспасского монастыря, сделанной в сентябре 1689 года, было всего указано 603 наименования книг, как рукописных, так и печатных, в основном на иностранных языках. Среди этих книг помимо текстов классических и христианских авторов имелся также ряд учебных пособий и справочников по истории, филологии (включая ряд лексиконов) и другим дисциплинам учебного курса. Со временем по мере дальнейшего продвижения в занятиях эта библиотека постепенно пополнялась учебниками, риторическими, полемическими и прочими учеными трудами братьев Лихудов и их ближайших учеников.

С самого начала XVIII века при Петре I в жизни России и, в частности, академии началась новая эпоха, отмеченная рядом как положительных, так и отрицательных черт. В 1701 году в академии, которой стал руководить митрополит Рязанский Стефан Яворский, по указу императора Петра были заведены «учения латинские». Расширение учебных программ и штатов не могло, хотя бы отчасти, не сказаться на библиотеке и ее комплектации, что со временем было как бы узаконено в «Духовном регламенте» (1720): «чтоб при школах быть библиотеке довольной. Ибо без библиотеки, как без души, академия».

В начале 30-х годов XVIII века в академическую библиотеку поступили книги из собрания Феофилакта Лопатинского, изъятые при аресте последнего. В то время полная библиотека Феофилакта состояла из 3500 томов и, по оценке современного исследователя, она «не имела аналогов среди русских книгохранилищ первой четверти XVIII века».

B XVIII веке библиотека в основном пополнялась за счет многочисленных пожертвований, а также учебными трудами преподавателей, составлявшимися тогда, по-преимуществу, на латинском языке, и их творческими сочинениями разной тематики. В 1731 году в академическую библиотеку ради «всеконечной ее скудости» поступила ценная библиотека еп. Рязанского Гавриила (Бужинского). В конце 1737 года в библиотеку, сильно пострадавшую в результате пожара, было также передано собрание книг еп. Суздальского Афанасия Кондоиди, а в следующем 1738 году — книги, оставшиеся после кончины еп. Вятского Лаврентия (Горки).

В 1771 году она пополнилась книгами игум. Крестовоздвиженского монастыря Вениамина; в 1774 году — книгами архимандрита Печерского Нижегородского монастыря Константина: согласно завещанию последнего. В 1776 году при митрополите Платоне (Левшине) библиотеке были переданы книги преосвященного Геннадия, в 1779 году — настоятеля подмосковного Лужецкого монастыря архим. Венедикта. В 1794 году по завещанию епископа Воронежского Иннокентия в библиотеку было передано 106 книг; в 1802 году в нее поступило 57 томов из библиотеки архим. Голутвина монастыря Варлаама; в 1803 году — 189 книг преосвященного Сильвестра и 250 книг архим. Воскресенского монастыря Иеронима.

Новая яркая эпоха в жизни академии и ее библиотеки началась во 2-й половине XVIII века при митрополите Платоне (Левшине). Митрополит стал тщательно следить за постановкой библиотечного дела в академии, учредил должность библиотекаря, ввел правила для выдачи книг, распорядился составить каталоги.

В 1812 году, когда большая часть Москвы была опустошена французами, библиотека академии в отличие от университетской, не только не пострадала, но и стала местом хранения книг, собранных в нее из книжных лавок. В уже мирном 1814 году при переезде академии в Троице-Сергиеву Лавру библиотека ее была разделена на две части: лучшие наиболее значимые книги влились в академическую библиотеку в Лавре, а прочие были переданы в Перервинскую семинарию. В жизни академии, центра научно-богословских и миссионерско-просветительских начинаний, начиналась новая эпоха, эпоха сосуществования и соработничества с важнейшим монашеским и духовным центром Русской Православной Церкви Троице-Сергиевой Лаврой.

Академия при этом расположилась в здании Царских чертогов вместо Троицкой лаврской семинарии, унаследовав от последней весьма богатую библиотеку, собиравшуюся еще с 1742 года, времени открытия семинарии. Данная библиотека просто осталась на своем исконном месте — на втором этаже столового или библиотечного корпуса, построенного Лаврой в 1802-1803 годах.

Для новой академической библиотеки собрание книг и рукописей Троицкой семинарии стало основополагающим. В дальнейшем библиотека академии продолжала формироваться, в основном за счет пожертвований. Так архиеп. Псковский Мефодий (+ 1815), бывший ректор Троицкой семинарии и московской Славяно-греко-латинской академии, завещал академии всю свою библиотеку общим числом ок. 992 наименований. Через несколько лет, в 1823 году в библиотеку академии поступила вся библиотека (494 наименования) архиеп. Московского Августина (+ 1819), переданная его племянницами согласно устному завещанию.

В середине XIX века в творческую и созидательную эпоху свт. Филарета (Дроздова), митрополита Московского, библиотека академии стала в целом комплектоваться более систематично, хотя постановка библиотечного дела в ней только складывалась. Сам свт. Филарет постоянно интересовался библиотекой, передавал в нее свои архивы и ревностно относился к изъянам в постановке библиотечного дела.

Золотые академические годы и период становления самостоятельной русской историческо-богословской школы пришлись на время активнейшей деятельности протоиерея Александра Горского, сначала библиотекаря (1842-1862), а затем ректора академии (1862-1875). Книжный фонд библиотеки продолжал и далее неуклонно увеличиваться за счет новых приобретений и пожертвований. В 1847 году для библиотеки  была приобретена часть библиотеки архиепископа Тобольского Афанасия (Протопопова) (+ 1842). В 1853 году штаб-лекарь И. М. Высоцкий, долгое время прослуживший при академии, передал ей 277 книжных томов. В сентябре 1859 года в библиотеку собрание рукописей (236 ркп.) Иосифо-Волоколамского монастыря, выбранных прот. Александром Горским летом того же года. В 1861-1863 годах в академию были передано собрание книг, выбранных библиотекарем академии из библиотеки Московской синодальной типографии: 151 старопечатная книга (дубликаты) преимущественно богослужебного содержания (из них 8 книг XVI века). В 1854 году в связи с открытием при академии миссионерского отделения по истории старообрядческого раскола по распоряжению свт. Филарета в академию были переданы старопечатные старообрядческие книги (224) и рукописи (240). В 1866 году в нее поступили 56 наименований книг из собрания воспитанника академии В. М. Ундольского (+ 1 ноября 1864), переданные собирателем памятников древнерусской литературы А. И. Хлудовым. Вскоре после смерти свт. Филарета (Дроздова) (+ 1867) в библиотеку поступило его собрание, состоящее из 188 печатных книг и 90 рукописей. Впоследствии (в 1870-1871) в библиотеку было передано собрание книг и рукописей (общим числом 2949) К. И. Невоструева, а — после смерти прот. Александра Горского (+ 1875) – его собственная библиотека.

Наконец, благодаря неустанному участию ректора академии прот. Александра Горского было начато строительство нового двухэтажного здания академической библиотеки взамен старого. Строительство нового корпуса, проект которого разработал архитектор Дмитрий Гущин, было разрешено определением Святейшего Синода от 8/31 августа 1873 года (№ 70), и окончательно после уточнения стоимости работ — от 3/18 июля 1874 года (№ 978).

Самым ценным книжным поступлением в библиотеку МДА в конце XIX века стала большая часть библиотеки архиеп. Тверского Саввы (Тихомирова), выбранная И. Корсунским, бывшим библиотекарем академии. Данная библиотека в составе 6147 названий книг и рукописей.

К концу XIX века библиотека академии являлась уже одним из крупнейших книгохранилищ в России. Общее число книг академической библиотеки до ее закрытия в 1919 году составляло 352601 книгу и 1618 рукописей.

В 1913-1914 годах в связи с увеличивавшейся теснотой к библиотечному корпусу была пристроена двухэтажная пристройка согласно самому скромному проекту из ряда предлагавшихся ранее.

Весной 1919 года в академии окончательно остановился учебный процесс. В то время как здание академии перешло к Военно-электротехнической академии (позже электротехническим курсам), библиотека была передана в ведение дирекции Румянцевского музея (библиотеки) в новом статусе его Сергиевского филиала— в 1924 году библиотека носила следующее официальное название «Сергиевское отделение Всероссийской публичной библиотеки имени Ленина». К этому времени штаты библиотеки академии заметно сократились. Уже с января 1919 года «было прекращено снабжение книгами».

По декрету Совнаркома от 4 декабря 1920 года о централизации библиотечного дела в Сергиевом Посаде была создана библиотечная секция Отдела народного образования города. Библиотека духовной академии была подчинена этому органу наряду с другими 19 малозначимыми библиотеками города, 28 уездными библиотеками и 48 избами-читальнями.

В 1921 в фонды библиотеки МДА стали передаваться книги из других закрытых к тому времени учреждений: из библиотеки бывшей Вифанской духовной семинарии поступило 125071 книга и 172 рукописи; из библиотеки Троице-Сергиевой Лавры — 39377 книг, 1159 рукописей и около 1027 номеров грамот и древних актов; из бывшей мужской гимназии более 10000 томов и ок. 300 исторических карт и картин.

Согласно протоколу «совещания библиотечных работников и представителей культкомиссии г. Сергиева» от 2 июля 1924 года, общее число книг библиотеки составило 518 тыс. и 2791 рукопись.

В 1933 году библиотека как филиал Румянцевкого музея была закрыта. Все библиотечные фонды МДА общим числом более 500000 томов стали числиться в фондах нынешней РГБ.

В этом же году (а по данным С. А. Волкова — в 1939 году) библиотека была складирована в одном из центральных московских храмов св. Климента папы Римского, закрытом в 1929 году — «и почила в книгохранилище под сводами закрытого храма св. Климента» (Климентовский пер., 7). Однако, по свидетельствам очевидцев «заточение» ценнейшего академического книжного собрания не обеспечивало его сохранности, поскольку одни книги, включенные в состав обменного фонда библиотеки имени В. И. Ленина, передавались неизвестным ныне институциям, а другие разворовывались частными лицами-коллекционерами, которые в силу непонятных причин имели свободный доступ в данное книгохранилище.

В 1944 году в Москве в Новодевичьем монастыре открылся Православный Богословский институт и Богословско-пастырские курсы. Первоначально институту принадлежал только Лопухинский корпус, на втором этаже которого разместились административные кабинеты и аудитории, а на первом — хозяйственная часть и склад церковно-богословских книг для будущей библиотеки. После того, как в июле 1945 года для нужд института был передан Успенский храм с трапезной и пристройками, в новых помещениях помимо общежития и аудиторий был устроен зал для библиотеки-читальни.

К моменту перевода Московских духовных школ в Троице-Сергиеву Лавру (в октябре 1948 года) в библиотеке имелся уже 17771 экземпляр книг.

В конце 50-х годов книжные фонды Московской духовной академии пополнились библиотеками Саратовской, Ставропольской и Минской духовных семинарий, к тому моменту закрытыми. В начале 1960-х годов в библиотеку поступили книги, принадлежавшие прежде Духовной миссии Русской Православной Церкви в Пекине, в то время уже закрытой. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий I (Симанский) передал свою личную библиотеку в фонды академической (в 1950 году — 385 томов), а также неоднократно проявлял заботу об академической библиотеке и ее пополнении.

В период с 1970 г. по 1984 г. фонд библиотеки увеличился примерно на 40 тыс. книг. В 1987 г. начались также переговоры о возвращении книг из фондов ГБЛ.

В настоящее время книжные фонды библиотеки Московской духовной академии вместе с новыми поступлениями из Западной Европы содержат около 450 тыс. экземпляров. В их числе собрание рукописных и старопечатных книг; особое собрание составляют рукописные певческие книги, начиная с XVI в. В фондах библиотеки имеются книги, написанные более чем на ста иностранных языках.

В фондах библиотеки имеются редкие рукописи и книги. К самым древним рукописям кон. XV в. относится ряд богослужебных книг: Апостол и Евангелие апракос, Псалтирь с восследованием; к более поздним относится Толкование на Псалтирь святителя Афанасия Александрийского (2-й трети XVII в.) из собрания Ф. С. Севастианова и др.

Из русских первопечатных книг представлены: Апостол, напечатанный диаконом Иваном Феодоровым и Петром Мстиславцем (1564 г.), несколько острожских изданий, выполненных в конце XVI в., Славяно-русский лексикон (1620 г.) и др. На многих книгах стоят автографы великих церковных или культурных деятелей: например, свт. Филарета Московского, С. М. Соловьева, преподавателей МДА: священника Павла Флоренского, И. Н. Корсунского, священномученика Илариона (Троицкого), Святейших Патриархов Алексия (Симанского) и Алексия (Ридигера).