Точная дата начала раскопок заранее не назначалась. Отец наместник испрашивал благословение у Святейшего Патриарха задолго до начала июля, но разрешение из Патриархии пришло именно накануне дня памяти отца Никона (Беляева), т.е. на Скитский престольный праздник — Рождество Иоанна Предтечи. Отец Никон последним из старцев покидал монастырь в 1927 году и теперь через 70 лет как бы благословил работы по открытию мощей старцев.
Перед началом работ был отслужен молебен. На месте погребения старцев Анатолия и Варсонофия, между Казанским и Введенским храмами, а также за алтарем Никольского придела Введенского собора братия при большом стечении прихожан усердно молились об успешном совершении дела, к которому готовился и которого ждал церковный народ много лет.
Монастырские рабочие сняли брусчатку, положенную на местах захоронения старцев в 80-90 годы 20 века, сняли ограждения и некоторый слой земли. Затем места раскопок были обнесены временными ограждениями, турникетами и веревками и накрыты двумя армейскими брезентовыми палатками, специально привезенными для этого случая.
Было установлено непрерывное чтение Псалтири, место раскопок было освящено. Для участия в работах в Оптину приехал известный археолог С. А. Беляев, участвовавший ранее в обретении мощей святителя Феофана Затворника и в идентификации останков царской семьи.
Отец наместник планировал открыть мощи только некоторых старцев, так как производство раскопок представлялось весьма трудоемким делом. Вход на территорию монастыря в эти дни был ограничен. Монастырские рабочие участвовали только в первом этапе раскопок и помогли убрать надгробия, унести кресты и открыть верхние наслоения: брусчатку, составлявшую отмостку собора, землю, а затем и фундаменты разрушенных часовен старцев.
Мощи отцов Анатолия (Зерцалова) и Варсонофия, находились между Введенским и Казанским соборами, отдельно от основного некрополя старцев. Ранее над ними была общая часовня. Раскопки начались 8 июля 1998 году одновременно здесь и за алтарем Введенского собора к северу от места где, как предполагалось, находились мощи пре- подобного Амвросия. Два иеромонаха и два инока начали раскопки могил старцев Анатолия (Зерцалова) и Варсонофия. Пришлось убирать обломки фундамента часовни, стоявшей ранее над их мощами. Братия обратили внимание, что появившийся в те годы в производстве бетон уже был использован в Оптиной пустыни. Видимо, по недосмотру угловая колонна часовни, которая могла быть построена после 1914 года, оказалась прямо над главой отца Варсонофия. По словам очевидцев, земля некрополя после разрушения, надгробия разравнивались трактором, и под его тяжестью эта колонна раздробила главу отца Варсонофия. Братия, занимавшиеся раскопками могил, говорили, что им очень хотелось «увидеть» мощи отца Варсонофия именно в день памяти его ученика, отца Никона. Сначала были удалены фрагменты фундамента часовни, затем остатки разрушенного общего свода склепа, а затем и крыши гробов старцев, провалившиеся и накрывавшие непосредственно мощи. Гроб отца Варсонофия располагался немного ниже гроба отца Анатолия. Он был накрыт покрывалом, бархатным с дорогой отделкой, пожертвованным еще в Голутвине, благодарными старцу прихожанами. Покрывало это упоминается в некоторых воспоминаниях и отображено на фотографиях похорон старца. Оно очень хорошо сохранилось, и было достаточно крепким. Впоследствии его поместили в новый гроб старца, под его мощами. Братия с благоговением и трепетом открыли последние фрагменты, скрывавшие честные главы старцев на исходе дня памяти отца Никона (Беляева). Уже читали 9-й час к службе Тихвинской иконе Божией Матери. Глава отца Анатолия была в очень хорошей сохранности, цвета выраженно воскового и кроме того довольно узнаваемая, соответствующая его облику по фотографиям. Кости старца восковые с темными пятнами были почти не потревожены, образовывали мощный скелет (кажется, старца недаром называли «большим»). Сросшиеся позвонки по 3-5 шт. указывали на болезнь. Взору братии открылась удивительная картина: в грудной части скелета, на том месте, где находится сердце, ясно было видно светлое пятно размером с блюдце. Об отце Анатолии говорили, что ему была дана особая молитва. Потом это пятно исчезло.
К прискорбию братии глава старца Варсонофия оказалась раздавленной упоминавшейся колонной и распалась на множество осколков размером примерно 3-4 см. Мощи старца были несколько темнее костей отца Анатолия.
Под мощи старца Анатолия (Зерцалова) удалось подвести металлический лист и поднять их на поверхность целиком. Косточки были со всей возможной тщательностью положены на белую бумагу, расстеленную на фанере, а впоследствии переложены в заранее приготовленные деревянные ковчеги.
У отца Варсонофия хорошо сохранился монашеский крест и параман. Среди косточек отца Анатолия находилось множество костей животных: их кости мелкие и белые, характерно раздробленные. Сохранность склепа и лежащего рядом архимандрита позволяет сделать вывод, что именно мощи старцев подверглись воздействию. Их покой пытались нарушить. Кроме того, в ногах старца Анатолия обнаружили маленький белый женский череп (он имел анатомические женские признаки). С большой вероятностью можно предположить, что это останки княгини Татьяны Ртищевой, которые также подверглись осквернению. Ее могила расположена точно на восток от могилы отца Анатолия. Видимо могила была потревожена потому, что в ней покоилась особа княжеского рода.
Окончание работ по обретению мощей старцев Анатолия I и Варсонофия пришлось на 6-7 часов утра 9 июля, день празднования Тихвинской иконы Божией Матери.
Братию воодушевляла мысль о том, что должна быть восстановлена некая «историческая справедливость» и мощам старцев, отчасти подвергшимся поруганию должна быть воздана подобающая честь.
К открытию мощей старцев на захоронении, находящемся за алтарем Никольского придела Введенского собора приступили также 8 июля. Было известно, что могилы на этом захоронении расположены рядами с севера на юг. За двадцать лет до передачи монастырю церкви, т.е. около 1968 года Надежда Александровна Павлович, поэтесса, духовное чадо старца Нектария наметила условно расположение могил братьев Киреевских и старца Амвросия.
Кроме того, Ольга Александровна Кавелина (инокиня Серафима) двоюродным дедушкой которой был архимандрит Леонид Кавелин, связанная с Оптиной пустынью с самого детства, помогала после открытия монастыря найти места погребения старцев.
Но этих сведений, как выяснилось позже, оказалось не достаточно. Отправляясь от места погребения старца Амвросия (как полагали ранее) стали открывать могилы находящиеся в этом ряду к северу.
Останки двух мужчин, как предполагалось старцев Макария и Льва, были извлечены со всеми необходимыми предосторожностями из земли, положены на бумагу расстеленную на фанере, а затем перенесены во Введенский собор.
Невозможно было не обратить внимания на одеяние тел и многие другие странные особенности. Братия пытались примирить и как бы подогнать несоответствия под ожидаемый результат раскопок (т.е. обретение мощей отцов Макария и Льва. Необходимо заметить, что найденные останки были в прекрасной сохранности). Но в результате обсуждения ситуации довольно скоро стало понятно, что произошла ошибка в рядах захоронений еще в 1988 году. И, таким образом, 16 октября 1988 года были обретены и выставлены для поклонения мощи старца Иосифа, а не преподобного Амвросия (как считалось ранее). К северу от могилы отца Иосифа находятся захоронения братьев Киреевских (Ивана Васильевича и Петра Васильевича), а также Наталии Киреевской, супруги Ивана Васильевича. Мощи же старцев Амвросия, Макария и Льва находятся в следующем к западу ряду.
Хорошо сохранившаяся чиновничья шинель, пуговицы на ней, сапоги явно указывали на Ивана Киреевского, человека незаурядного, сумевшего при содействии благодати Божией преобразить свое мироощущение, стать искренним славянофилом и настоящим христианином. Участие в жизни обители, труды и благотворительность сподобили его чести быть погребенным рядом со старцами. Таковы же его брат Петр и супруга Наталья. Сам облик Ивана Васильевича был узнаваем в его останках: он был худощав, проступали характерные черты лица. Подбородок его оказался чист, а бакенбарды сохранились. В свое время Иван Васильевич прибыл в Оптину из Петербурга в оцинкованном гробе, и все его тело теперь оказалось осыпано позеленевшей оцинковкой.
Таким образом, Киреевские послужили обители и после своей кончины. Именно они указали дальнейший правильный ход раскопок, хотя это направление определилось и не сразу.
Недоумение по поводу ошибки в расположении мощей старцев продолжилось несколько часов. Было высказано множество предположений по этому поводу, решался вопрос, где же искать настоящие мощи старца Амвросия, а так же мощи других старцев. Слишком привычным казалось братии старое ошибочное расположение дорогих всем останков. Сложился некий стереотипный образ, от которого сложно было отказаться сразу. Отец наместник связывался по телефону со Святейшим Патриархом и получил благословение открывать мощи всех старцев, находящихся в некрополе. С этого момента могилы начали открывать в таком порядке: в следующем к западу ряду по отношению к могилам отца Иосифа и Киреевских были открыты могилы старцев а) Амвросия, к северу от него – б) Макария и Льва, к югу – в) Илариона и к востоку – г) Анатолия (Потапова).
Все работы теперь производились исключительно силами братии. Пространство вокруг могил было насколько возможно расчищено от земли и посторонних предметов. Были сделаны из досок приспособления, позволившие очистить захоронения от земли и в то же время не ступать прямо на гробы. Одновременно были открыты своды склепов старцев Амвросия и Макария, кладка сводов была частично разобрана ближе к ногам. Через такое отверстие братия проникали в склеп отца Амвросия, открывали гроб старца и затем передавали части мощей наверх, где они помещались на бумагу, расстеленную на фанерных столах. Очищали косточки от земли, затем в максимально более точном соответствии с анатомией скелета их перекладывали в специальные ящики. При составлении скелета братия полагались на знания наших иконописцев, т.к. некоторые мощи подверглись воздействию в той или иной степени и косточки были перемешаны. Так у преподобного Амвросия исчез крест парамана и косточки в центральной части груди располагались хаотично. В склеп старца Макария через отверстие в своде была свешена лампа, а проникнуть в склеп удалось через отверстие в стене со стороны склепа отца Амвросия.
Очень скоро все недоумения рассеялись. Правильность предположений о местонахождении мощей старцев подтвердилась. И хотя отец наместник справедливо требовал от братии с возможной тщательностью собирать все доказательства, было совершенно ясно, что мощи принадлежат именно монахам и именно искомым старцам. Части параманов, кресты, остатки клобуков, пузырьки с соборным маслом, само нетление мощей говорили о том, что открываются мощи преподобных Амвросия, Макария, затем Льва и других отцов. Да и душевное состояние братии говорило само за себя. Желание работать, желание бодрствовать (отцу наместнику даже приходилось отправлять некоторых братий отдыхать), благоговение и взаимопомощь, наконец, проявление братской любви говорили о том, что происходит необыкновенное событие.
Любовь старцев была преизобильно разлита на всех. Самые суровые были смягчены благодатью. И бысть им погребающим мужа, и се, видеша воинов, и повергоша мужа во гробе Елиссеове: (и впаде тело человека мертва,) и прикоснуся костем елиссеовым, и оживе и воста на ноги своя. (4 Цар.13:21)
Никто не сомневался, что силами братии все работы будут доведены до конца, а объем работ предстоял немалый.
Все детали общей картины событий заняли свои места. Строение черепа старца Макария очень напоминало дошедшие до нас изображения преподобного. Вспомнилось, что к северу от склепа старца Льва находится могила помещика Алексия Желябужского, преданного почитателя и ученика преподобного. Он выстроил для старца целый корпус в обители.
К югу от преподобного Амвросия нашел себе упокоение старец Иларион, а далее покоится преданный друг последнего — отец Флавиан (Маленков).
Между рядами, в головах у старца Амвросия и в ногах у старца Иосифа, немного в стороне, лежал старец Анатолий (Потапов), который незадолго до своей кончины приходил именно сюда и говорил, что места для одного человека здесь хватит.
Братия вспомнили моменты из жития старца Иосифа, в которых говорится: «Жил при Оптиной пустыни древний старец – прозорливец, отец Пахомий – блаженный. Он очень любил отца Иосифа; и когда тот был еще простым монахом, отец Пахомий всякий раз, как с ним встретится, непременно попросит у него благословение. — Отец Пахомий, да я не иеромонах, — улыбнется ему отец Иосиф.
— Удивляюсь, — ответит Пахомий. — Отец Иосиф, все равно, что отец Абросим.
Одна раба Божия – юродивая, была у старца Амвросия, и увидя отца Иосифа сказала ему: «Вот было у одного старца два келейника; один из них и остался на его месте».
Умре отец его, и аки не умре: подобна бо себе остави по себе. (Сир.30:4)
Десять лет покровительствовал обители преподобный Иосиф, присоединяя к с своим чудотворениям молитвы и благословения преподобного Амвросия.
Сохранившиеся части гробов старцев Амвросия и Макария, части одежды, обивка гробов тщательно собирались для сохранения, как святыня.
Мощи преподобного Амвросия имели особенный цвет, цвет светлой проолифленной древесины. Сохранности очень хорошей. Склеп довольно сухой, немного заполненный землёй.
Гроб отца Макария находился ниже гроба отца Амвросия на 30-40 сантиметров, склеп более влажный. Мощи также в очень хорошем состоянии, цвета темного дерева. Когда были извлечены мощи отца Макария, и стало возможным без опасений разобрать свод склепа, расширили проем в стене между склепами и один из братий смог проникнуть в сильно заполненный землей склеп отца Льва. 
Заполненный настолько, что расчищать путь к мощам возможно было только лежа. Расположенный еще на 30-40 сантиметров ниже склеп, кроме того был очень сырым. Могила старца подверглась воздействию: косточки скелета были разбросаны, перемешены с землей, так что приходилось просеивать всю землю, доставаемую из склепа. Одному из братий пришлось лежа передавать землю другому, влезавшему в склеп и вылезавшему из него, чтобы передать ее дальше. Наверху по поверхности склепа кто-то неосторожно прошел и восточная часть свода, как раз там, где передавали друг другу ведро с землей, обрушилась. Находящийся в склепе брат подвергся серьезной опасности и за короткое время пережил и ужас перед возможностью быть раздавленным в этом малом пространстве и страх смерти. И другой брат подвергся опасности быть погребенным под кирпичами обвалившейся части свода, если бы оказался в склепе и забирал бы землю в этот момент. Но его только мягко присыпало большим количеством земли. После страха пришло чувство милости Божией и присутствия и заступничества старца Льва. Наверху поставили дежурного и работы были продолжены. Мощи старца были успешно извлечены по частям и потом собраны почти без потерь.
Также постепенно во Введенском соборе оказались мощи старца Анатолия Младшего, у которого особенно хорошо сохранилась верхняя часть скелета, цветом походящая на мощи старца Амвросия.
Склеп отца Илариона не открывали сверху, а проделали отверстие в стенке со стороны склепа старца Амвросия. К отцу Илариону проник один из братий и полностью сам передал по частям мощи в отверстие.
Таким образом, к 11 июня мощи всех старцев, доступные к обретению были подняты, помещены в специально приготовленные деревянные ковчеги и ожидали дальнейшей обработки. Все работы проходили в полном согласии и братской любви. Это были незабываемые для братии дни, с которыми не хотелось расставаться. Это было событие, давно ожидаемое и не обманувшее ожиданий, одна из важнейших вех в жизни обители. Событие, неразрывно связанное с понятием прославление.
В эти же дни была восстановлена раздробленная глава преподобного Варсонофия. Один из иконописцев в течении нескольких часов с помощью размягченного пальцами воска смог собрать косточки черепа старца в единое целое с одной лишь единственной потерей фрагмента в области виска.
В один из дней раскопок обитель посетил архиерей, и это посещение было воспринято братией, как добрый знак и благословение Церкви.
Настоящим торжеством Православия и было время, когда мощи старцев, подобающим образом приведенные в порядок и помещенные в специальные ковчеги, были выставлены в течение продолжительного времени во Введенском соборе напротив раки преподобного Амвросия.
Обитель ожидала перенесение мощей своих старцев в восстановленный и превращенный в усыпальницу храм Владимирской иконы Божией Матери.