Перечень открыт для дополнений.
Ассоциация музеев России - http://www.amr-museum.ru/
Портал "Музеи России" - http://www.museum.ru/
1) Музеи в Москве:
Государственный исторический музей - http://www.shm.ru/
Московский Кремль - http://www.kreml.ru/
Музей изобразительных искусств имени А.С. Пушкина - http://www.museum.ru/gmii/defrus.htm
Центральный музей древнерусской культуры и искусства им. Андрея Рублева - http://www.rublev-museum.ru/
Третьяковская галерея - http://www.tretyakovgallery.ru/
Музей Востока - http://www.orientmuseum.ru/
Музей архитектуры им. А.В. Щусева - http://www.muar.ru/
Музей декоративно-прикладного и народного искусства - http://www.vmdpni.ru/
Музей кочевой культуры - http://www.nomadic.ru/
Московский объединенный художественный, историко-архитектурный и природно-ландшафтный музей-заповедник - http://www.mgomz.ru/
Музей истории Москвы - http://www.mosmuseum.ru/rus/
2) Музеи в Санкт-Петербурге:
Эрмитаж - http://www.hermitagemuseum.org/html_Ru/
Русский музей - http://rusmuseum.ru/
Музей антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера) РАН - http://www.kunstkamera.ru/
Российский этнографический музей - http://www.ethnomuseum.ru/
Музей истории религии - http://www.gmir.ru/
3) Музеи в других городах:
Владимиро-Суздальский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник - http://www.museum.vladimir.ru/
Староладожский историко-архитектурный и археологический музей-заповедник - http://www.oldladoga.ru/
Новгородский объединенный музей-заповедник - http://www.novgorod-museum.ru/
Музей народного деревянного зодчества "Витославлицы" (Великий Новгород) - http://www.novgorod.ru/read/information/cultutre/wooden-architecture/vitoslavlici/
Псковский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник - http://museum.pskov.ru/
Смоленский музей-заповедник - http://www.smz.smolensk.ru/
Музей-заповедник "Ростовский кремль" - http://www.rostmuseum.ru/
Великоустюгский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник - http://www.ustjug.museum.ru/
Сергиево-Посадский историко-художественный музей-заповедник - http://www.musobl.divo.ru/novosti.html
Вологодский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник - http://www.vologdamuseum.ru/
Историко-архитектурный и этнографический музей-заповедник "Кижи" - http://kizhi.karelia.ru/
Кирилло-Белозерский историко-архитектурный художественный музей-заповедник - http://www.kirmuseum.ru/
Белозерский областной краеведческий музей - http://www.belozermus.ru/
Переславль-Залесский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник - http://museumpereslavl.ru/
Рязанский историко-архитектурный музей-заповедник - http://ryazankreml.ru/
Соловецкий историко-архитектурный и природный музей-заповедник - http://www.solovky.ru/
Муромский историко-художественный музей - http://www.museum.murom.ru/
Нижегородский историко-архитектурный музей-заповедник - http://www.ngiamz.ru/
Нижегородский государственный художественный музей - http://artmuseum.r52.ru/
Тверской объединенный музей - http://www.tvermuzeum.ru/
Ярославский историко-архитектурный музей-заповедник - http://www.yarmp.yar.ru/
Ярославский художественный музей - http://artmuseum.yar.ru/
Болгарский историко-архитектурный музей-заповедник (респ. Татарстан) - http://www.bolgar.info/
Музей-заповедник "Казанский кремль" - http://www.kazan-kremlin.ru/
Музей-архив истории изучения и освоения Европейского Севера России Кольского научного центра РАН - http://museum.kolasc.net.ru/
4) Музеи при университетах:
Археологический музей Воронежского ГУ - http://www.hist.vsu.ru/archmus/
Археологический музей Ивановского ГУ - http://amu.ivanovo.ac.ru/
Археологический музей Казанского ГУ - http://www.ksu.ru/archeol/
Археологический музей Тверского ГУ - http://university.tversu.ru/misc/archaeology/
Музей древней и средневековой истории Камско-Вятского междуречья Удмуртского ГУ - http://v4.udsu.ru/default/arh_museum